Poljoprivreda kao djelatnost svrstava se prvenstveno u difuzne (raspršene) izvore onečišćenja okoliša. Takvi izvori onečišćenja teže se nadziru u odnosu na točkaste, koji su vezani za ispuštanje otpadnih voda iz gradova i stambenih naselja. Međutim, poljoprivreda se može pojaviti istovremeno i kao točkasti (koncentrirani) izvor onečišćenja. Kod pripreme škropiva i kod vanjskog pranja strojeva za zaštitu bilja može doći do onečišćenja okoliša pesticidima. Zato treba pripremu škropiva i vanjsko pranje strojeva nakon aplikacije pesticida izvoditi na betonskoj podlozi, gdje se otpadna voda od pranja i moguća odlijevanja sredstava skuplja i dalje obrađuje jednim od biopurifikacijskih sustava. U Sloveniji su postavljena dva sustava za pročišćavanje otpadnih voda kontaminiranih pesticidima. Jedan radi na principu otparavanja vode, a drugi na način razgradnje pesticida pomoću mikroorganizama u supstratu.