Objective Spoligotyping is a valuable genotyping tool to study the genetic diversity and molecular epidemiology of Mycobacterium tuberculosis (M. tb). The aim of this study was to analyse different spoligotype patterns of M. tb strains isolated from patients with tuberculosis from different parts of India. Materials and Methods A total of 163 M. tb isolates were spoligotyped between January 2014 and January 2015. About 47% (n = 77) were from patients with extrapulmonary tuberculosis; of these, 10 were MDR, and seven were Pre‐XDR. Of the 86 M. tb isolates from patients with pulmonary tuberculosis, 25 were MDR, and 25 were Pre‐XDR. Results We found 61 spoligo patterns, 128 clusters in the spoligotype data base (spoldb4 data base) with spoligo international type (SIT) number and 35 true unique isolates. The most pre‐dominant spoligotype was EAI lineage (56), followed by Beijing (28), CAS (20), T(9), U(7), X(3), H(3), BOVIS_1 BCG(1) and LAM(1). Conclusion Although our study identified EAI, CAS and Beijing strain lineages as pre‐dominant, we also found a large number of orphan strains (20%) in our study. Beijing strains were more significantly associated with MDR TB than CAS and EAI lineages. Further studies on large sample sizes would help to clearly describe the epidemiology of M. tb in India. Objectif Le spoligotypage est un outil de génotypage précieux pour étudier la diversité génétique et l’épidémiologie moléculaire de Mycobacterium tuberculosis (M. tb). Le but de cette étude était d'analyser différents profils de spoligotypes de souches de M. tb isolées de patients atteints de tuberculose dans différents endroits de l'Inde. Matériel et méthodes 163 isolats M. tb ont été spoligotypés entre janvier 2014 et janvier 2015. 47% (n = 77) provenaient de patients atteints de tuberculose extrapulmonaire; de ceux‐ci, 10 étaient MDR et 7 étaient pré‐XDR. Sur les 86 isolats M. tb de patients atteints de tuberculose pulmonaire, 25 étaient MDR et 25 étaient pré‐XDR. Résultats Nous avons trouvé 61 spoligotypes regroupant 128 isolats dans la base de données de spoligotypes (spoldb4) avec un numéro de type spoligo international (SIT) et 35 isolats uniques vrais. Le spoligotype le plus prédominant était la lignée EAI (56), suivie des lignées Beijing (28), CAS (20), T (9), U (7), X (3), H (3), BOVIS_1 BCG (1) et LAM (1). Conclusion Bien que notre étude ait identifié des souches des lignées EAI, CAS et Beijing comme prédominantes, nous avons également trouvé un grand nombre de souches orphelines (20%). Les souches Beijing étaient plus significativement associées à la TB MDR que celles des lignées CAS et EAI. D'autres études sur une grande taille d’échantillon aideraient à décrire clairement l’épidémiologie de M. tb en Inde. Objetivo El spoligotyping es una herramienta valiosa de genotipado para estudiar la diversidad genética y la epidemiología molecular de Mycobacterium tuberculosis (M. tb). El objetivo de este estudio era analizar los diferentes patrones de las cepas de M. tb aisladas de pacientes tuberculosos provenientes de diferentes partes de la India. Materiales y Métodos Se realizó el spoligotyping a 163 cepas de M. tb aisladas entre enero del 2014 y enero del 2015. Un 47% (n=77) eran de pacientes con tuberculosis extrapulmonar; de estos, 10 eran multirresistentes (MDR) y 7 eran Pre‐extremadamente resistentes (Pre‐XDR). De los 86 aislados de M. tb de pacientes con tuberculosis pulmonar, 25 eran MDR y 25 eran Pre‐XDR. Resultados Encontramos 61 perfiles de espoligotipos, 128 conglomerados en la base de datos de espoligotipos (spoldb4) con número de espologotiopo internacional (número SIT) y 35 aislados únicos. El espoligotipo más predominante era de lineaje EAI (56), seguido por Beijing (28), CAS (20), T(9), U(7), X(3), H(3), BOVIS_1 BCG(1), y LAM(1). Conclusión Aunque nuestro estudio identificó los linajes de cepas EAI, CAS y Beijing como predominantes, también encontramos un gran número de cepas huérfanas (20%) en nuestro estudio. Las cepas Beijing estaban más significativamente asociadas con TB‐MDR que los linajes CAS y EAI. Más estudios sobre un mayor número de muestras ayudaría a describir claramente la epidemiología de M. tb en la India.