In this study we used simulation of genetic parameters based on microsatellite data to investigate the reproductive system of three Hymenaea courbaril L. species populations. Different selfing, migration and clonal reproduction rates were tested using the Easypop software. The results suggest the presence of both sexual and clonal reproduction in these populations. The simulated populations showed gradual decrease of the genetic diversity due the low gene flow caused by fragmentation. Due to connectivity importance, it is suggested expanding the area and replacing the explored trees using high genetic diversity germplasm in order to minimize the negative effects of fragmentation. Neste estudo foram usadas simulações de parâmetros genéticos com base em dados de microssatélites para investigar o sistema reprodutivo de três populações de Hymenaea courbaril L. Foram testadas diferentes taxas de autofecundação, migração e reprodução clonal usando o software Easypop. Os resultados sugerem a presença de reprodução sexual e clonal nessas populações. Houve diminuição gradual da diversidade genética devido ao baixo fluxo gênico ocasionado pela fragmentação. Devido à importância da conectividade, sugere-se a expansão da área e substituição das árvores exploradas por germoplasma de elevada diversidade genética, visando a minimizar os efeitos negativos da fragmentação.