Tijek kroničnog hepatitisa B i C razlikuje se u djece u odnosu na odrasle. Isto tako razlikuju se i preporuke za terapiju. Za liječenje djece s kroničnim hepatitisom B za sada su odobreni konvencionalni interferon alfa i lamivudin, a za starije od 12 godina mogu se koristiti tenofovir i adefovir. Lijekovi se primjenjuju kao monoterapija. Liječenje se preporuča samo u određenim indikacijama, uz preduvjet pokazatelja koji obećavaju povoljan ishod. Cilj terapije je sprječavanje progresije bolesti kako bi se smanjio rizik komplikacija (ciroze i hepatocelularnog karcinoma) u budućnosti. Kronični hepatitis C u djece također nije nužno hitno liječiti, jer bolest u dječjoj dobi u pravilu sporo napreduje. Stoga je terapija indicirana ako se radi o bržoj progresiji bolesti (sa značajnim stupnjem fibroze). Liječenje se preporuča kombinacijom pegiliranog interferona alfa2b i ribavirina. U djece s kroničnim virusnim hepatitisom potrebno je provoditi i godišnji probir na hepatocelularni karcinom, jer se pokazalo da je rizik veći nego li kod zdrave djece.