El conocimiento del flujo de agua subterránea es de suma importancia para la planificación sostenible de los recursos hídricos, especialmente en regiones con demandas crecientes de agua. En el presente estudio, la distribución de los materiales geológicos y la geología estructural han sido integradas en un Modelo Hidroestratigráfico Tridimensional (THM) para evaluar el comportamiento del flujo de agua subterránea en el acuífero de San Salvador, localizado en la porción oriental del volcán de San Salvador. La información geológica fue analizada, clasificada, reinterpretada y correlacionada a partir de informes de perforación de pozos y del mapa geológico nacional para agrupar capas con características geológicas similares, las cuales fueron relacionadas con sus propiedades hidráulicas para definir las Unidades Hidroestratigráficas (UHE) que conforman el acuífero. En el dominio de las UHE, se evaluó la distribución de las fallas, conductividad hidráulica y rendimiento de los pozos existentes en el acuífero para evaluar su relación con el flujo de agua subterránea. El modelo evidenció la existencia de seis unidades hidroestratigráficas (UHE) intercaladas y formadas por piroclasto y toba con la conductividad hidráulica (K) más baja de 10−2 a 1 m/día, lava basáltica y andesítica fracturada con valores de K entre 1 y 10¹ m / d, y escoria con K más alta de 10¹ hasta aproximadamente 10³ m/día. El modelo también mostró el desplazamiento de los bloques asociados al graben central en la Zona de Falla de El Salvador (ZFES) particularmente en el sur y este de la zona de estudio Los resultados indican que la UHE de baja producción de material piroclástico y toba se extiende en toda la zona de estudio, y que es aprovechada por la mayoría de los pozos de explotación en el Área Metropolitana de San Salvador (AMSS). Mientras que las UHE de lavas de Cuscatlán y San Salvador son menos extensas y localmente aprovechadas; sin embargo, presentan mayores caudales, principalmente cerca de fallas geológicas. Por su parte, la Escoria del Plan de La Laguna es una UHE localizada, pero la más productiva de la zona y se encuentra densamente fracturada. Adicionalmente, hay cuatro fallas importantes que pueden ser consideradas como potenciales conductos de agua subterránea y una que se comporta como barrera de flujo horizontal. Las fallas reflejan influencia en el flujo de agua subterránea cuando intersectan a flujos de lava; por el contrario cuando intersectan a materiales porosos, esta influencia no fue evidenciada. Este estudio proporciona nuevos elementos al conocimiento de la distribución espacial y aprovechamiento de los materiales permeables en el acuífero de San Salvador y podría respaldar algunas decisiones para el manejo sostenible del agua subterránea, especialmente aquellas orientadas a las zonas de nuevos aprovechamientos. Esta metodología se podría aplicar en acuíferos con condiciones similares de datos escasos y múltiples fuentes de información. Groundwater flux knowledge is of supreme importance for sustainable water resources planning, mainly in highly rising water demand regions. Distribution of geologic material and structural geology have been incorporated in a Tridimensional Hydrostratigraphic Model (THM) in order to assess groundwater flow occurrence in San Salvador aquifer, located in the east portion of San Salvador volcano. Geologic data have been analyzed, classified, reinterpreted and correlated from bore drilling reports and geology map of the zone to define layers with similar geologic characteristics. These layers were related with their hydraulic properties in order to define Hydrostratigraphic Units (HSU) in the aquifer. Faults distribution, hydraulic conductivity and water rate production in wells were spatially analyzed and correlated for assessing the groundwater occurrence. The model showed the existence of six interbedded HSU formed by pyroclastic and tuff material with the lowest hydraulic conductivity (K) from 10−2 – 1 m/d, fractured andesitic and basaltic lava with K values between 1 – 10¹ m/d, and volcanic scoria with the highest K from 10¹ to around 10³ m/d. The model also showed the displacement of blocks associated to Central Graben in the Zone Fault of El Salvador (ESFZ), specially at south and east of the study area. Results showed that the low production Cuscatlán pyroclastic and tuffs material HSU extends throughout the study area and it is exploited by most of productive water wells in the Metropolitan Area of San Salvador (AMSS). While Cuscatlán and San Salvador lavas HSU are less extensive, locally exploited, even though they are more productive and are classified as good aquifers, mainly near geologic faults. Meanwhile, Plan de La Laguna Escoria HSU is small, nevertheless, is the most productive of the area and densely fractured. Furthermore, there are four important faults in the zone that function as conduits and other fault that function as a barrier. Faults exhibit influence on groundwater flux when they intersect lava flows, conversely, when porous materials are intersected by faults, groundwater flux remains the same. This model gives new insights about the spatial distribution and exploitation of the permeable materials in San Salvador aquifer area and could support some decisions for sustainable groundwater management, mainly those focus on new water development zones. This methodology could be applied in aquifers with similar conditions of poor and multisource data.