Postoji zanimanje istraživača za provjeru pretpostavke o vezi između oksidacijskog stresa i patofizioloških procesa tijekom kliničkog mastitisa. Glavni je cilj ovog istraživanja bio ustanoviti profil ...antioksidacijske genske ekspresije u mliječnih krava s kliničkim mastitisom. Uzorci mlijeka 77 krava s kliničkim mastitisom uzeti su između 15. i 70. dana laktacije (DIM) i analizirani standardnim bakteriološkim testovima. Istraživana je mRNA ekspresija antioksidacijskih gena, kao što je katalaza (CAT), glutation-peroksidaza (GPx) i superoksid-dismutaza (SOD). Osim toga u uzorcima mlijeka zdravih krava i onih s kliničkim mastitisom mjerene su razine lipidne peroksidacije. Izolirane su bakterije Staphylococcus aureus (S. aureus, 10,48 %), Streptococcus agalactiae (7,69 %), Streptococcus dysagalactiae (6,29 %) i Escherichia coli (E. coli, 29,37 %). Dominantan patogen pronađen u mlijeku krava s kliničkim mastitisom u ranoj laktaciji bila je bakterija E. coli. Prosječna vrijednost malondialdehida (MDA) u uzorcima krava s kliničkim mastitisom bila je znakovito veća (P < 0,05) nego u zdravih krava. Rezultati su pokazali da je ekspresija profila SOD-a u mlijeku krava s mastitisom, inducirana bakterijom S. aureus, bila znakovito veća (P < 0,0001) u usporedbi s E. coli. Također, ekspresija mRNA razine GPx-a u mlijeku krava s mastitisom zbog bakterije E. coli bila je znakovito veća (P < 0,0001) u usporedbi s bakterijom S. aureus. Genska ekspresija CAT-a imala je tendenciju povećanja u mlijeku krava s mastitisom uzrokovanim bakterijom S. aureus u usporedbi s mlijekom krava koje su imale E. coli. Rezultati pokazuju da se mRNA razine antioksidacijskih gena mogu razlikovati ovisno o vrsti bakterije i da smanjena ekspresija antioksidacijskih gena može povećati prijemljivost na mastitis.
Iako su cijepljenje i istraživanja nakon cijepljenja znatno dobila na važnosti u borbi protiv bolesti u akvakulturi, malo se zna o mehanizmu imunološke zaštite u cijepljenih riba nakon izazivačke ...infekcije. U ovom se istraživanju pokušalo rasvijetliti mehanizam zaštite nakon cijepljenja modificiranim cjepivom pripravljenim od rekombinantnog proteina R (rOmpR) vezanog na adjuvans u vrste Labeo rohita (za Indiju važne vrste šarana) i izazivačke infekcije vrstom Aeromonas hydrophila. U tu svrhu analizirana je ekspresija niza imunosnih molekula (IgM, faktor 3 komplementa, interleukin 1β, interleukin 6, faktor tumorske nekroze α, interleukin 15, MHC I and MHC II) u bubrežnim tkivima cijepljenih riba 0, 12, 24, 48, 72 i 120 h nakon izazivačke infekcije. Više razine transkripata IgM, MHC I i MHC II bile su očite u skupina cijepljenih OmpR-om s mineralnim uljem kao adjuvansom i modificiranim OmpR-om s mineralnim uljem u različitim vremenskim razmacima nakon izazivačke infekcije kao i onih koje nisu bile podvrgnute izazivačkoj infekciji. Rana pojava proupalnih citokina i ekspresije većine imunosnih gena bila je više izražena u cijepljenih riba u različitim vremenskim točkama nakon izazivačke infekcije što upućuje na bolji imunosni odgovor u tih riba. Ovo istraživanje naznačuje aktivaciju i humoralne i stanične imunosti u cijepljenih rohu riba nakon izazivačke infekcije bakterijom A. hydrophila.
Uvod: Analiza genske ekspresije zasnovana na mikropostrojima je tijekom proteklog desetljeća prepoznata kao koristan alat od strane znanstvene zajednice, ali nije ušla u rutinsku dijagnostičku ...primjenu. Kako je skupa i podložna značajnim eksperimentalnim varijacijama, na trenutnom tehnološkom stupnju razvoja ta tehnologija nije prikladna za rutinske kliničko-dijagnostičke primjene. U svrhu premošćivanja jaza između mogućnosti navedene tehnologije i potreba kliničke dijagnostike razvijeni su različiti računalni alati za smanjenje dimenzionalnosti. Njihova osnovna svrha je odabir malog skupa kandidata za biomarkere iz ogromnog skupa sadržanog u profilima genske ekspresije prikladnog za rutinsko postavljanje dijagnoze.
Cilj: Slučajna šuma (engl. Random Forest, RF) se nametnula kao pouzdan pretkazatelj. Ipak, njene su mogućnosti u odabiru relevantnih gena privukle manje pažnje. Cilj ove studije je evaluacija prikladnosti na RF-u zasnovanoga odabira biomarkera iz skupova genskih profila. Tri takva skupa, preuzeta iz literature, prikupljena tijekom manjih kliničkih pokusa izabrana su u navedenu svrhu.
Rezultati: Dobiveni rezultati ukazuju da RF može lako identificirati dobre uni-varijatne klasifikatore, tj. pojedinačne biomarkere kada je složenost skupa mala. Za nešto složenije probleme pouzdani dvodimenzionalni klasifikator može se također pronaći. Ipak, ako je odnos između dijagnoze/prognoze i profila genske ekspresije vrlo složen ili ako je skup premalen, na RF-u zasnovano smanjenje dimenzionalnosti ne omogućava odabir pouzdanog skupa kandidata za biomarkere.
Zaključci: Unutar ograničenja zadanih složenošću skupa RF predstavlja prikladan alat za izbor kandidata za biomarkere.
PDF
