Za pakistanskog domaćeg jaka (Bos grunniens) iz obitelji šupljorožaca (Bovidae), sekvenciran je cjelokupni citokromni b gen i djelomice kontrolna regija mtDNK. Genoti¬pizirano je tri stotine uzoraka ...uporabom 27 goveđih mikrosatelitskih markera pasmine Gilgit-Baltistan i Skardu iz Pakistana. Identifi¬cirali smo ukupno 35 mutacija i 9 haplotipova na temelju sekvencija D-petlje uz haplotipsku i nukleotidnu raznolikost od 0,9640±0,051, od¬nosno 0,02172±0,00224. Za citokromni b gen, ukupno 23 varijabilne lokacije i šest različi¬tih haplotipova zamijećeno je s 0,885±0,067 haplotipskom i 0,00989±0,003 nukleotidnom raznolikošću. Filogenetska analiza D-petlje i citokromnog b gena ukazala je da se sekven¬ce domaćih jakova grupiraju u dvije vrlo di¬vergentne loze po majci (loza I i II), dok su identificirane tri haplogrupe A, C i D od ranije poznatih šest haplogrupa. Haplogrupe A i C bile su dominantne i široko rasprostranjene među svim istraženim uzorcima jakova. Svi mikrosateliti bili su polimorfni te je zamijeće¬no ukupno 138 alela, s prosječnim sadržajem polimorfne informacije (PIC) od 0,56 ukazu¬jući na njihovu učinkovitost. Zamijećena je prosječna heterozigotnost od 0,6071 s alelnom raznolikošću 5,1111 i genetskom raznolikošću 0,4830. Implikacije ovih nalaza mogu se rabiti za očuvanje populacije jakova.
‘Žilavka’ has been grown in Bosnia and Herzegovina since the XIVth century and is exploited for wine production. Although not sufficiently studied, this grapevine cultivar has high economic potential ...for the country. Five survey missions resulted in the collection of eighty ‘Žilavka’ accessions that varied in terms of names and characteristics. Because of the unknown origin of the cultivar, these accessions were analyzed with microsatellites markers in order to obtain a standard ‘Žilavka’ genotype. AFLP markers were used to investigate the genetic basis of variability within the cultivar. ‘Žilavka’ grapevines were screened on 14 microsatellite loci, thus revealing 4 different genotypes arising from mutations observed at 10 polymorphic loci. AFLP analysis of 52 ‘Žilavka’ accessions revealed 35 different genotypes, with an average polymorphism of 57 %. Cluster analysis showed no grouping of different Žilavka accessions according to their names, characteristics or collection locations. The standard ‘Žilavka’ genotype was further compared to 211 cultivars from Slovenia (49), Austria/Germany (20), France (13), Portugal (27), Croatia (19), Greece (32), Spain (21) and Italy (30) in order to assess their genetic relationships. In pairwise comparisons, the highest genetic similarity was found with Slovenian cultivars ‘Glera’ and ‘Briška Glera’ (64 %) and the highest genetic dissimilarity (100 %) with two Italian cultivars, ‘Nebbiolo Lampia’ and ‘Vespolina’. Inventory, collection and genetic characterization of ‘Žilavka’ accessions are important steps towards cultivar standardization, identification of parental cultivars and investigation of cultivar origin, required for its sustainable use.
‘Žilavka’ je pomembna vinska sorta z območja Bosne in Hercegovine kjer jo gojijo že od XIV stoletja. V preteklosti ni bila dovolj proučevana vendar ima velik ekonomski potencial za omenjeno območje. Akcesije žilavke (80), ki imajo različna imena in se razlikujejo po nekaterih osnovnih karakteristikah so bile nabrane na različnih področjih Bosne in Hercegovine. Za pridobitev standardnega genotipa žilavke smo uporabili mikrosatelitne markerje in z analizo 14 lokusov odkrili mutacije na 10 lokusih in določili 4 različne genotipe. Vse akcesije (52) katerim smo na osnovi mikrosatelitov določili standardni genotip smo nadalje analizirali z AFLP markerji in tako določili 35 različnih genotipov. Povprečni polimorfizem pri AFLP analizi je bil 57 %. S klastrsko analizo nismo odkrili skupin povezanih z različnimi karakteristikami, poimenovanjem ali izvorom akcesij žilavke. Standardni genotip žilavke smo nadalje primerjali z genotipi 211 kultivarjev iz Slovenije (49), Avstrije/Nemčije (20), Francije (13), Portugalske (27), Hrvaške (19), Grčije (32), Španije (21) in Italije (30), da bi ugotovili kakšna je sorodnost z njimi. V analizi primerjave parov smo ugotovili, da je žilavka najbolj sorodna (64 %) s slovenskima kultivarjema ‘Glera’ in ‘Briška Glera’ ter najbolj genetsko oddaljena od italijanskih kultivarjev ‘Nebbiolo Lampia’ in ‘Vespolina’. Zbiranje, vrednotenje in genetska karakterizacija akcesij žilavke je pomembna za standardizacijo kultivarjev, analizo starševstva in izvora sorte.
Najčešće uzgajane riblje vrste u Bosni i Hercegovini su iz porodice Salmonidae, uključujući i potočnu zlatovčicu (Salvelinus fontinalis) koju se uzgaja za prehranu i za potrebe poribljavanja. Na ...uzgajalištima je primjećena povećana učestalost anatomskih deformacija kod mlađi potočne zlatovčice koje uzrokuju smanjenje kondicije kod riba, a time i značajne financijske gubitke. S obzirom da je dokazano da je pojava deformacija u korelaciji s niskom genetičkom raznolikošću i visokom stopom uzgoja u srodstvu, ova studija je imala za cilj procijeniti unutar i međupopulacijsku raznolikost Salvelinus fontinalis iz različitih ribogojilišta u Bosni i Hercegovini na osnovu varijacija mitohondrijskog i nuklearnog genoma. Primjenom mitohondrijskog kontrolnog područja i sedam nuklearnih mikrosatelitnih lokusa analizirano je ukupno 109 uzoraka potočne zlatovčice iz tri ribogojilišta locirana na rijeci Neretvi. Metoda PCR-RFLP i metoda sekvenciranja pokazale su samo jedan haplotip kontrolnog područja u svim istraživanim jedinkama. Uočen je mali broj genotipova za sve promatrane mikrosatelitne lokuse. Vrijednost genetičke raznolikosti i sadržaj informativnog polimorfizma pratili su porast u broju alela po lokusu. Općenito, vrijednost koeficijenta uzgoja u srodstvu bio je generalno veoma visok, dok su genetska raznolikost i uočena heterozigotnost imali niske stope. Rezultati provedene studije u suglasnosti su s rezultatima prethodnih istraživanja u kojima su razvojne deformacije bile praćene niskom genetičkom raznolikošću i inbreeding depresijom. Stoga se posebno preporuča redovno nadopunjavanje matičnog jata novim, nesrodnim jedinkama s obzirom da je to od presudnog značaja za održanje zadovoljavajuće razine genetičke raznolikosti i sprečavanje inbreeding depresije. Također, održavanje dobre prakse upravljanja u pogledu fluktuacije temperature vode, izloženosti zagađenju, prehrane itd. će dodatno prevenirati nastanak ovog štetnog stanja.
Provider: - Institution: - Data provided by Europeana Collections- Drosophila subobscura shows a wide Palearctic distribution. It inhabits most
of Europe, Northern Africa, Asia Minor and some ...Atlantic islands. The genetic
structure in natural populations of this species has been extensively studied
with respect to several genetic markers. The variability of chromosomal
inversion polymorphism has been most thoroughly studied showing spatial and
temporal structure in natural populations. The clinal pattern of chromosomal
variability suggests the action of natural selection on inversion
polymorphism, while abrupt changes in gene arrangement frequencies between
closely related populations separated by geographical barrier suggest the
importance of historical processes on the genetic structure. After the decay
of the ice caps, Drosophila subobscura, most probably, recolonized Europe
mainly from the Balkan Peninsula, Asia Minor and Caucasus, but also, to a
lesser degree, from the Iberian Peninsula. Several populations of D.
subobscura, mostly from the Western Europe, have been studied with respect to
microsatellite variability. The analysis showed absence of structuring of
genetic variation, with slightly higher genetic variability in Southern
populations. There is a widespread genetic homogeneity of mitochondrial DNA
(mtDNA) variability throughout the species range with high prevalence of two
almost equally frequent haplotypes, and a number of population specific, rare
haplotypes. Several factors account for the observed distribution in mtDNA
variability: historical processes, genetic drift and natural selection, most
probably acting through cytonuclear coadaptation of alleles inside inversions
and mtDNA haplotypes. Large area of D. subobscura range, including the Balkan Peninsula, has not yet been analyzed with respect to variability of molecular markers.
Additionally, populations from specific refugial habitats, such as gorges and canyons, have not been studied either with molecular markers, or with respect to chromosomal variability. These habitats are proven to be very important for the survival of tertiary populations during glaciations. In addition, the role of cytonuclear coadaptations between alleles inside inversion arrangements and mtDNA haplotypes in shaping mtDNA variability in this species has not been studied in the respective region. Assessing genetic
variability from Balkan Peninsula and specific refugial habitats would shed more light on the role of historic and adaptive processes in shaping genetic diversity of D. subobscura. Three populations from refugial habitats were studied: the Derventa River Canyon, Sićevo Gorge and Lazar’s River Canyon. In addition, several other populations, from habitats that do not have refugial characteristics were analyzed: Mountain Goč, Botanical Gardens in Belgrade and Deliblato Sands. The variability was assessed using three genetic
markers: chromosomal inversion polymorphism, microsatellites and the restriction site analysis of mtDNA. Unlike the chromosomal variability of D. subobscura in the Balkan Peninsula, which is characterized by endemic chromosomal arrangements in high frequencies, there is absence of distinctiveness in variability of molecular markers in this peninsula. The analyzed populations show week genetic differentiation with respect to molecular markers. In some cases small differences were significant, and most
probably influenced by adaptive processes. In the population from Sićevo Gorge an interesting mtDNA haplotype with the duplication of control region and the surrounding genes was found. The study showed that linkage disequilibrium between chromosomal arrangements and mtDNA haploypes is not a general occurrence in natural populations of D. subobscura. It is discussed how transient coadaptations, ecologically specific selective pressures, and presence of geographical barriers could contribute to population-specific patterns of linkage disequilibrium. The trends of covariation of chromosomal and mtDNA variants were observed, suggesting the adaptive significance of cytonuclear interactions. The genetic variability in populations collected from gorges and canyons is largely consistent with the variability observed in other populations from the Balkan Peninsula. However, in gorges and canyons specific low frequency gene arrangements were observed that are absent in other populations. In addition, some gene arrangements have
slightly higher frequencies and are more consistently present in populations from gorges and canyons. The study of microsatellite variability did not show different population history in gorges and canyons and other populations. On the other hand, in case of mrDNA variability, tests developed to detect change in population demography show more stable population history of D. subobscura in gorges and canyons compared to the rest of the populations. More temperate climatic conditions and grater habitat variability in gorges
and canyons are probably responsible for the observed results. This study shows that specific habitats in gorges and canyons might have served as refugia for D. subobscura, and/or as stepping-stones in unfavourable conditions in the process of recolonization of Europe.- Drosophila subobscura je vrsta sa širokim Palearktičkim rasprostranjenjem.
Naseljava gotovo ceo evropski kontinent, severnu Afriku, Malu Aziju i neka
atlanska ostrva. Genetička struktura prirodnih populacija ove vrste je
opisana upotrebom nekoliko genetičkih markera. Najtemeljnije je izučena
varijabilnost hromozomskog inverzionog polimorfizma, po kome populacije D.
subobscura pokazuju prostornu i vremensku struktuiranost. Klinalni obrasci
ovog tipa varijabilnosti upućuju na značaj selektivnih procesa u njenom
oblikovanju, dok razlike između geografski bliskih područja između kojih
postoji geografska barijera upućuju na značaj istorijskih procesa. Naime,
uočena varijabilnost oslikava procese rekolonizacije Evrope nakon završetka
poslednje glacijacije iz primarnog pribežišta lociranog u regionu koji
obuhvata Balkan, Malu Aziju i Kavkaz, ali i sekundarnog u regionu Pirinejskog
poluostrva. Mikrosatelitska varijabilnost izučavana je u nekoliko evropskih
populacija D. subobscura, uglavnom iz zapadnog dela Evrope. Pokazano je da su
populacije slabo struktuirane po ovom genetičkom markeru. Populacije u južnom
delu areala odlikuju se nešto većom genetičkom raznovrsnošću. Donekle je
slična i slika varijabilnosti prirodnih populacija po mitohondrijalnoj DNK
(mtDNK), u slučaju koje je zabeležena homogenost distribucije haplotipova
između populacija. U velikoj većini do sada analiziranih populacija
zabeleženo je prisustvo dva dominantna haplotipa i veliki broj endemičnih
haplotipova niske učestalosti. Pokazano je da nekoliko faktora oblikuje
varijabilnost mtDNK D.subobscura. Među njima su najznačajniji istorijski
procesi, genetički drift, i prirodna selekcija koja najverovatnije deluje
preko cito-nukleusne koadaptacije između alelskih kombinacija u okviru
inverzija i mtDNK varijanti. Veliki deo areala D. subobscura, uključujući i Balkansko poluostrvo, je ostao, u velikoj meri, neistražen upotrebom molekularnih DNK markera. Takođe, u okviru Balkanskog poluostrva, ni po molekularnim markerima, a ni po inverzionom polimorfizmu nisu ispitivani specifični refugijalni lokaliteti kakvi su klisure i kanjonske doline, za koje je pokazano da su bile od presudnog značaja za preživljavanje tercijernih populacija u periodima glacijacije. Analiza neispitanih područja bi dala potpuniju sliku uloge istorijskih i adaptivnih procesa u oblikovanju varijabilnosti D. subobscura. Poseban deo ove disertacije ticao se uloge cito-nukleusnih koadaptacija između alela u okviru inverzionih aranžmana i mtDNK haplotipova u oblikovanju mtDNK varijabilnosti u prirodnim populacijama analizirane vrste. U ovoj studiji korišćene su prirodne populacije D. subobscura uzorkovane na tri refugijalna lokaliteta: Kanjon reke Dervente, Sićevačka klisura i Kanjon Lazareve reke. Takođe su uzorkovane i populacije sa lokaliteta koji nemaju refugijalne osobenosti: dva lokaliteta na planini Goč, Botanička bašta u Beogradu i Deliblatska peščara. Korišćena su tri genetička markera: Inverzioni polimorfizam, mikrosatelitska varijabilnost i analiza prisustva/odsustva restrikcionih mesta mtDNK. Razmatranjem varijabilnosti Balkanskog poluostrva upotrebom molekularnih markera uočava se odsustvo specifičnih obrazaca kakvi se mogu uočiti u slučaju hromozomske varijabilnosti, gde su prisutni endemični hromozomski aranžmani u visokim učestalostima. Takođe, analizirane populacije su u maloj meri između sebe
diferencirane po molekularnim markerima, iako su u nekim slučajevima te male razlike značajne i verovatno uzrokovane adaptivnim procesima. U populaciji iz Sićevačke klisure je zabeleženo prisustvo interesantnog mtDNK haplotipa sa insercijom koja rezultuje u duplikaciji kontrolnog regiona i okolnih gena. Studija je pokazala da neravnoteža vezanosti između hromozomskih aranžmana i
mtDNK haplotipova nije široko zastupljena pojava u prirodnim populacijama D. subobscura. Diskutovan je način na koji prolazne koadaptacije, ekološki specifični selekcioni pritisci, kao i prisustvo/odsustvo geografskih barijera može uticati na populaciono specifične obrasce ovog tipa neravnoteže vezanosti. Uočeni su trendovi kovariranja hromozomskih i mtDNK varijanti,
koji najverovatnije ukazuju na adaptivni značaj cito-nukleusnih interakcija. Varijabilnost populacija D. subobscura klisura i kanjonskih dolina po sva tri genetička markera u velikoj meri odgovara varijabilnosti šireg dela Balkanskog poluostrva. Ipak, uočeno je prisustvo nekih genskih aranžmana niske učestalosti koji nisu prisutni u ostalim populacijama. Takođe, neki genski aranžmani su nešto učestaliji i konzistentnije prisutni u populacijama klisura i kanjona. Studija mikrosatelitske varijabilnosti nije pokazala različitu populacionu istoriju dve grupe populacija. Sa druge s
Očuvanje genetske raznolikosti domaćih životinja bitan je segment u razvoju moderne poljoprivredne prakse koji stavlja naglasak na očuvanje autohtonih domaćih pasmina životinja, a samim time i ...očuvanje bioraznolikosti u svijetu. Jedna od potencijalnih autohtonih pasmina na području Republike Hrvatske, koja je prema Zelenoj knjizi izvornih pasmina Hrvatske svrstana u izumrle i nedovoljno poznate, jest dalmatinski bušak. O navedenoj populaciji nema mnogo podataka, a i oni postojeći vezani su samo uz morfološki opis konja te njegove mjere. S obzirom na to da u Dalmaciji još uvijek postoji mala populacija konja koja svojom konformacijskom građom odgovara potencijalnoj pasmini dalmatinski bušak, napravljene su izmjere konja te su uspoređene s literaturnim podacima. Molekularno-genetskim metodama određena je zastupljenost pojedinih mikrosatelitskih lokusa što bi omogućilo daljnju karakterizaciju i opis populacije. Istraživanje je provedeno na šest konja (2 mužjaka i 4 ženke) starosne dobi od 2,5 do 3,5 godina. Na temelju rezultata mjerenja zaključeno je da su istraživani konji nešto sitnije građe u odnosu na mjere konja iz dostupne literature. Od 17 istraživanih lokusa, 16 je polimorfno, a jedan monomorfan. Prosječna opažena heterozigotnost (HO) iznosi 0,7, a očekivana (HE) 0,6 te je stoga fiksacijski indeks (FIS) negativan. Prosječan informacijski sadržaj polimorfizma (PIC), kao i za većinu lokusa zasebno, upućuje na visokoinformativne markere. Raspon frekvencija alela u svih 17 lokusa kretao se od 8,3% do 100%. Usprkos malom uzorku svi su promatrani lokusi bili u genetskoj ravnoteži prema Hardy-Weinbergovu zakonu. S obzirom na prikupljene rezultate te na mali broj obrađenih jedinki, ovaj je rad početak istraživanja kojim bi se započeo daljnji rad s ciljem očuvanja ove potencijalne autohtone pasmine.
Istarska koza jedna je od autohtonih pasmina koja je nastanjivala područje Istarskog poluotoka i bila važna u proizvodnji mlijeka te prehrani, posebice siromašnog stanovništva. Kroz stoljeća je ...činila prepoznatljivi heraldički simbol Istre, no u svojem stvarnom obličju gotovo je iščezla iz uzgojnog područja. Revitalizacija i reafirmacija istarske koze započela je nakon višedesetljetne zabrane uzgoja na uzgojnoj bazi od nekoliko desetaka preostalih rasplodnih jedinki. Genetska karakterizacija preostale populacije istarske koze nužna je za uvid u stanje unutar populacijske genetske očuvanosti kao i pozicioniranje naspram filogenetski srodnih pasmina koza. Provedena je analiza strukture mikrosatelita i mtDNA rasplodnih jedinki istarske koze te srodnih pasmina koza, hrvatske bijele i sanske koze. U populaciji istarske koze naspram druge dvije pasmine koza utvrđena je veća alelna varijabilnost (nA = 9,7; AR = 7,4) te značajna genetska udaljenost (FST=0,068-0,086) što ukazuje da istarska koza čini zaseban genetski identitet. Zapaženih deset haplotipova sekvenci D-loop regije mtDNA također potvrđuje značajno genetsko bogatstvo maternalne nasljedne komponente. Uočeni haplotipovi u populaciji istarske koze pripadaju haplogrupi A. Manji broj haplotipova pokazuje srodnost naspram pasmina iz skupine bijelih koza, što indicira na tragove ranijih ograničenih ciljanih oplemenjivanja istarske koze. Analiza genetskog profila ukazuje na visoku razinu očuvanosti genetske varijabilnosti te nudi smjernice dugoročno održivog konzervacijskog programa. Očuvani genetski i izgledni proizvodni (mliječni) potencijal istarske koze čini značajnu osnovu njene gospodarske reafirmacije.
Genetska struktura cipla zlatara, Liza aurata, istražena na obalama Fereydoon-Kenara i Ramsara (jug Kaspijskog jezera, Iran) pomoću 6 mikrosatelitskih markera dizajniranih za cipla bataša (Mugil ...cephalus) i Liza haematocheila. Ukupno je sakupljeno 60 odraslih primjeraka L. aurata iz tih regija. Sve početnice polimofnih lokusa su upotrijebljene za analizu genetske varijacije. Analiza je otkrila kako je prosječan broj alela (Na) po lokusu 6,2 (raspon je 3 do 9 alela). Sve regije uzorka sadržavale su privatne alele. Prosječne procjene vrijednosti koeficijenta parenja u bliskom srodstvu (Fis) na 6 mikrosatelita su pozitivne. Prosječna promatrana i očekivana heterozigotnost je 0,394 i 0,743. Devijacije od Hardy-Weinbergovog modela ravnoteže zabilježene su u svim slučajevima (P<0,001). Procjene F statistike (Fst) i genskog toka (Nm) bile su 0,078 i 2,9. Fst procjene u AMOVA ukazuju na značajnu gensku diferencijaciju između regija (P<0,01). Genetska udaljenost je 0,679, što upućuje na izraženu genetsku diferencijaciju između proučavanih populacija. Podaci proizašli iz ove studije pružaju genetsku varijaciju i genetsku diferencijaciju u populacijama poput C. auratus na jugu Kaspijskog jezera.
PDF
