Za pakistanskog domaćeg jaka (Bos grunniens) iz obitelji šupljorožaca (Bovidae), sekvenciran je cjelokupni citokromni b gen i djelomice kontrolna regija mtDNK. Genoti¬pizirano je tri stotine uzoraka uporabom 27 goveđih mikrosatelitskih markera pasmine Gilgit-Baltistan i Skardu iz Pakistana. Identifi¬cirali smo ukupno 35 mutacija i 9 haplotipova na temelju sekvencija D-petlje uz haplotipsku i nukleotidnu raznolikost od 0,9640±0,051, od¬nosno 0,02172±0,00224. Za citokromni b gen, ukupno 23 varijabilne lokacije i šest različi¬tih haplotipova zamijećeno je s 0,885±0,067 haplotipskom i 0,00989±0,003 nukleotidnom raznolikošću. Filogenetska analiza D-petlje i citokromnog b gena ukazala je da se sekven¬ce domaćih jakova grupiraju u dvije vrlo di¬vergentne loze po majci (loza I i II), dok su identificirane tri haplogrupe A, C i D od ranije poznatih šest haplogrupa. Haplogrupe A i C bile su dominantne i široko rasprostranjene među svim istraženim uzorcima jakova. Svi mikrosateliti bili su polimorfni te je zamijeće¬no ukupno 138 alela, s prosječnim sadržajem polimorfne informacije (PIC) od 0,56 ukazu¬jući na njihovu učinkovitost. Zamijećena je prosječna heterozigotnost od 0,6071 s alelnom raznolikošću 5,1111 i genetskom raznolikošću 0,4830. Implikacije ovih nalaza mogu se rabiti za očuvanje populacije jakova.