Liječenje migrene prilagođeno je individualnim potrebama bolesnika. Kako bi se izbjegao nasumičan izbor lijekova, treba odabrati lijek koji ima pouzdanu učinkovitost u zaustavljanju glavobolje i popratnih simptoma, koji je dobro podnošljiv i ne utječe na komorbiditete. Farmakološko liječenje može biti usmjereno samo na abortivnu akutnu terapiju ako se migrena rijetko javlja, nema teži klinički oblik i ne uzrokuje značajne poremećaje dnevnih životnih aktivnosti. Ako je onesposobljenost blaga, prvi lijek izbora može biti nesteroidni antireumatik, jednostavni ili kombinirani analgetik. U slučaju jače onesposobljenosti može se odmah dati specifični analgetik iz razreda triptana, koji se također daju u slučaju neuspjeha prve linije akutnog liječenja migrene blažeg intenziteta. Profilaktičko liječenje migrene treba započeti kod učestalih epizodnih i kroničnih oblika migrene i neuspjeha akutne terapije koji se dokumentiraju praćenjem u dnevniku glavobolje. Prva linija liječenja prema dostupnosti lijekova u Hrvatskoj su oralni nespecifični profilaktici iz razreda betablokatora (propranolol i metoprolol) i antiepileptika (topiramat), a u drugoj liniji triciklički antidepresiv (amitriptilin). Ako je terapija neuspješna nakon dva pokušaja liječenja s dva različita oralna profilaktika u bolesnika koji imaju najmanje 4 dana migrene mjesečno, prema stručnim smjernicama treba propisati specifičnu profilaktičku terapiju – monoklonska antitijela na kalcitonin genpovezani peptid (CGRP) (fremanezumab ili galkanezumab) ili na receptor CGRP (erenumab). Specifični profilaktici za migrenu imaju prednost u odnosu na nespecifične: jednostavnu uporabu, brzi početak djelovanja, postojanu učinkovitost, bolju podnošljivost i sigurnosni profil.