El objetivo del presente trabajo es ilustrar cómo la aplicación adecuada o inadecuada del análisis factorial exploratorio (AFE) puede llevar a conclusiones muy diferentes. Para ello se evalúa el grado en que cuatro paquetes estadísticos diferentes que permiten realizar AFE de ítems, en concreto SPSS, FACTOR, PRELIS y MPlus, permiten o limitan la aplicación de los estándares actualmente recomendados en materia de análisis factorial. Asimismo se analizan y comparan los resultados que ofrecen dichos programas cuando se factorizan datos empíricos de escalas que ajustan, según el caso, de manera inadecuada, ambigua u óptima a los supuestos del modelo AFE lineal clásico, a través de las distintas posibilidades que ofrecen los distintos programas. Los resultados de la comparación ilustran las consecuencias de elegir entre un programa u otro, y también las consecuencias de elegir entre unas opciones u otras dentro de un mismo programa, en función de la naturaleza de los datos. Finalmente se ofrecen una serie de recomendaciones prácticas dirigidas a los investigadores aplicados con cierta orientación metodológica.