Objetivo: Describir la frecuencia, las características clínico-demográficas y los factores relacionados con el retraso diagnóstico, con tratamientos incompletos y con el desarrollo de discapacidad entre el ingreso y el egreso de pacientes inscritos en el “Programa de Control de la Enfermedad de Hansen del Valle del Cauca”, de 2010 a 2016. Metodología: Se realizó un estudio observacional descriptivo de una cohorte retrospectiva de pacientes con lepra. Resultados: La incidencia promedio fue de 0,99 casos / 100 000 habitantes. La mediana de edad fue 54 años (rango intercuartílico: 39-65); el 58,82 % fueron hombres, el 49,73 % pertenecía al régimen subsidiado. El 83,68 % fueron casos nuevos, de los cuales, el 76,47 % eran multibacilares (47,9 % con lepra lepromatosa). El 59,54 % manifestó discapacidad y el 10,54 % tuvo leprorreacciones. El 50% presentó retraso diagnóstico, y el 9,09 %, abandonó tratamiento. Se encontró dependencia significativa entre retraso diagnóstico y discapacidad al ingreso (or: 2,09, ic 95 %: 1,28-3,41, p = 0,003), y entre la no finalización del tratamiento y ser previamente tratado (or: 2,82, ic 95 %: 1,28-6,18, p = 0,009). Conclusión: La lepra continúa siendo frecuente en el Valle del Cauca. El retraso diagnóstico y el ingreso con alguna discapacidad connotan captación tardía de los pacientes y en estadios avanzados. El abandono y la discapacidad al egreso se suman a la complejidad de la situación. Se evidencia la necesidad de fortalecer las intervenciones actuales dirigidas hacia el paciente, sus contactos domiciliarios, el personal de salud y la comunidad en general.