El cáncer colorrectal (CCR) es la segunda causa oncológica de muerte en Argentina. La asociación entre CCR y microbioma fecal alterada se reconoce cada vez más como potencial para la determinación de nuevos biomarcadores de valor diagnóstico, pronóstico y/o terapéutico. El objetivo de este trabajo es caracterizar y comparar resultados entre diferentes métodos de conservación y análisis del microbioma en muestras de voluntarios sanos y pacientes con CCR recolectadas en el Hospital Italiano de Buenos Aires. Localmente, las muestras se almacenaron a -80 °C y se secuenciaron las regiones V3-V4 del gen ARNr 16S en un IlluminamiSeq. En la Universidad de Leeds, las muestras se almacenaron a temperatura ambiente en gFBOT y se secuenció la región V4 del ARNr 16S en un IlluminaHiSeq. El análisis bioinformático se realizó utilizando Qiime2 (2020.2) y LefSe. Se compararon los taxones a nivel de phylums representativos de ambos grupos, no detectando diferencias en la abundancia relativa de Bacteroidetes, Firmicutes, Proteobacteria, Virrumicrobia y Actinobacterias. A nivel de género encontramos mayor riqueza en las muestras locales frente a las de referencias (370 vs. 239 OTUs), debido a la mayor cobertura obtenida por el análisis de una región adicional (V3-V4 vs. V4) que nos permitió obtener una mayor resolución de los niveles taxonómicos presentes en las muestras analizadas. En este estudio pudimos obtener resultados comparables, a pesar de modificar el método de almacenamiento y secuenciación. Para validar estos resultados preliminares se necesitan evaluar muestras adicionales.