UP - logo
Fakulteta za farmacijo, Ljubljana (FFALJ)
  • Primerjalno vrednotenje masne spektrometrije in multipleksne verižne reakcije s polimerazo v realnem času za identifikacijo dermatofitov = Comparative evaluation of mass spectrometry and multiplex real time polymerase chain reaction for dermatophyte identification : magistrski študijski program Laboratorijska biomedicina : Masters Study Program Laboratory Biomedicine
    Radež, Manca
    Dermatofiti so vlaknate glive, ki večinoma povzročajo površinske okužbe kože, las in nohtov. Laboratorijska diagnostika teh okužb temelji na neposrednem mikroskopskem pregledu kužnin, njihovem ... gojenju na mikoloških gojiščih in identifikaciji na podlagi morfoloških lastnosti. Klasična identifikacija zahteva izkušnje in čas, zato v diagnostiko uvajamo hitrejše in objektivnejše metode prepoznavanja dermatofitov. Namen magistrske naloge je bil primerjati masno spektrometrijo (MS) MALDI-TOF (angl. matrix-assisted laser desorption ionization time-of-flight) in multipleksne verižne reakcije s polimerazo v realnem času (qPCR) za identifikacijo dermatofitov ter opredeliti ustreznost obeh metod za prepoznavo najpogostejših povzročiteljev dermatofitoz. Poleg tega je bil cilj naloge tudi uvesti protokol, s katerim bi dopolnili morfološko prepoznavanje dermatofitov, skrajšali čas do izvida in zmanjšali možnost subjektivnih napak. Izboljšati smo želeli tudi predpripravo vzorcev in omogočiti zanesljivejšo identifikacijo dermatofitov z metodo MS MALDI-TOF tako, da smo primerjali rezultate analiziranih kultur, ki so zrasle na dveh različnih dermatofitnih gojiščih. Uporabili smo 103 pozitivne vzorce, ki so jih v Laboratoriju za diagnostiko glivičnih infekcij na Inštitutu za mikrobiologijo in imunologijo (IMI) Medicinske fakultete Univerze v Ljubljani prejeli v diagnostično testiranje. Vzorce smo najprej nacepili na dve različni trdni gojišči, in sicer sulfit-cikloserin-azidni agar (SCA) in ID-Fungi Plates ter v tekoče gojišče tioglikolatni bujon (TIO). Po 3-5 dneh smo s trdnih gojišč postrgali dermatofitne kulture in jih nanesli na ploščico za analizo z metodo MS MALDI-TOF. Iz tekočega gojišča TIO pa smo izolirali dermatofitno DNA in jo do analize z qPCR shranili v hladilniku pri -20 %. Multipleksno PCR v realnem času smo izvedli s komercialno dostopnim kompletom DermaGenius 2.0. Po primerjavi in statistični analizi rezultatov analiz smo ugotovili, da je bila analizna specifičnost MS MALDI-TOF MS večja, če smo namesto gojišča SCA za gojenje dermatofitov uporabili gojišče ID-Fungi Plates. Poleg tega smo ugotovili, da je analitska specifičnost multipleksne metode qPCR v realnem času boljša kot pri MS MALDI-TOF, saj smo z njo lahko pravilno identificirali večje število dermatofitov z manjšim številom neuspešnih prepoznav. Zato menimo, da bi bila metoda multipleksne qPCR primerna za dopolnitev klasične diagnostike. Za ustrezno verifikacijo metode pa bi morali izvesti dodatno raziskavo, s katero bi lahko zanesljivo opredelili vse parametre, ki so ključni za vpeljavo novih metod v standardne operativne postopke rutinskega diagnostičnega laboratorija.
    Vrsta gradiva - magistrsko delo ; neleposlovje za odrasle
    Založništvo in izdelava - Ljubljana : [M. Radež], 2021
    Jezik - slovenski
    COBISS.SI-ID - 63103747

Signatura – lokacija, inventarna št. ... Status izvoda Rezervacija
Knjižnica
mlab 0000000616 RADEŽ MANCA Primerjalno 0000000258
IN: 0017126 Knjižnica
mlab 616 RADEŽ MANCA Primerjalno 258
IN: 0017126 		prosto - za čitalnico
loading ...
loading ...
loading ...

Vnos na polico