Myrciaria dubia is a main source of vitamin C for people in the Amazon region. Molecular studies of M. dubia require high-quality total RNA from different tissues. So far, no protocols have been ...reported for total RNA isolation from leaves of this species. The objective of this research was to develop protocols for extracting high-quality total RNA from leaves of M. dubia. Total RNA was purified following two modified protocols developed for leaves of other species (by Zeng and Yang, and by Reid et al.) and one modified protocol developed for fruits of the studied species (by Silva). Quantity and quality of purified total RNA were assessed by spectrophotometric and electrophoretic analysis. Additionally, quality of total RNA was evaluated with reverse-transcription polymerase chain reaction (RT-PCR). With these three modified protocols we were able to isolate high-quality RNA (A
260nm
/A
280nm
> 1.9 and A
260nm
/A
230nm
> 2.0). Highest yield was produced with the Zeng and Yang modified protocol (384 ± 46 µg ARN/g fresh weight). Furthermore, electrophoretic analysis showed the integrity of isolated RNA and the absence of DNA. Another proof of the high quality of our purified RNA was the successful cDNA synthesis and amplification of a segment of the M. dubia actin 1 gene. We report three modified protocols for isolation total RNA from leaves of M. dubia. The modified protocols are easy, rapid, low in cost, and effective for high-quality and quantity total RNA isolation suitable for cDNA synthesis and polymerase chain reaction.
Myrciaria dubia “camu-camu”, una especie nativa de la Amazonía que produce frutos con alto contenido de vitamina C y otras sustancias importantes. Sin embargo, los estudios moleculares de esta planta ...son escasos, por falta de un protocolo reproducible para purificar sus ácidos nucléicos. El objetivo de este trabajo fue establecer un protocolo para aislar el ADN genómico a partir de hojas de M. dubia, apropiado para análisis moleculares. El ADN se purificó con un protocolo modificado, la calidad y cantidad se estimó por espectrofotometría y electroforesis en gel de agarosa. Adicionalmente, la calidad se evaluó mediante RAPD. El ratio de calidad (A260/A280) promedio del ADN fue 1.9±0.1 y el espectro de absorción UV/Vis presentó un único pico de máxima absorbancia a 260nm. Mediante electroforesis el ADN fue íntegro y sin ARN. También, la síntesis de amplicones RAPD nos sugiere ausencia de inhibidores para polimerasas. La concentración promedio del ADN fue 99±33 ng/ml y el rendimiento promedio fue 237±80 mg ADN/g hoja. En conclusión, se ha establecido un protocolo de aislamiento de ADN genómico a partir de hojas de Myrciaria dubia “camu camu”, caracterizado por permitirnos obtener ADN de alta calidad y cantidad suficiente para análisis moleculares como el RAPD.
Ha existido una confusión taxonómica entre Cestrum guatemalense Francey, C. mexicanum Francey y C. pacayense Francey, especies distribuidas en el sur de México, Guatemala, Honduras y El Salvador. La ...dificultad para reconocer estas especies se debe en parte a la plasticidad de algunos de sus caracteres morfológicos, por lo que incluso se han propuesto como sinónimos. Para tratar de diferenciar estas especies, se revisaron 158 ejemplares del acervo de los herbarios F, IEB, MEXU, MO, NY, TEX y US, evaluando 21 caracteres morfológicos vegetativos y florales, de los cuales 15 pasaron pruebas de normalidad, homocedasticidad y presentaron diferencias significativas. Con esta información se realizaron análisis de componentes principales y discriminante canónico. Las características que tuvieron más importancia en los análisis fueron las relacionadas con el cáliz y filamentos de los estambres. El análisis de componentes principales presenta 2 agrupamientos, uno de estos es exclusivo de especímenes identificados como C. mexicanum, lo cual fue corroborado con el análisis discriminante. Por todo lo anterior, consideramos adecuado restablecer C. mexicanum como una especie válida y los individuos de las otras especies permanecen como un complejo que necesita estudios adicionales para determinar su delimitación.
There has been a taxonomic confusion among Cestrum guatemalense Francey, C. mexicanum Francey y C. pacayense Francey, species distributed in southern Mexico, Guatemala, Honduras and El Salvador. The difficulty in recognizing these species is partly due to the plasticity of some of its morphological characters; in fact, they have been proposed as synonyms. In order to differentiate these species, 158 samples of the herbariums F, IEB, MEXU, MO, NY, TEX and US were reviewed, evaluating 21 morphological characters, vegetative and floral, 15 of which approved positively for normality, homocedasticity and significant differences. With this information, principal component and discriminant analyses were performed. The characteristics related to the calyx and filaments of the stamens are the most important in both analyses. The principal component analysis presents 2 clusters, 1 of these only with specimens identified as C. mexicanum, which was corroborated by the discriminant analysis. For all these reasons, we consider the recognition of C. mexicanum as a species. Conversely, individuals of the other species remain as a complex of species that needs additional studies to determine its boundaries.
Myrciaria dubia “camu-camu” es un frutal amazónico caracterizado por su amplia variación de vitamina C. Pero los estudios genético moleculares que puedan explicar esta variación son limitados. Por ...ello nuestro objetivo fue realizar la clonación y filogenia molecular de un segmento del gen codante de la actina de M. dubia. Las muestras fueron obtenidas de la colección de germoplasma del INIA. Luego, el ARN fue purificado y mediante RT-PCR con cebadores degenerados se amplificó un segmento del gen. En base a la secuencia obtenida se diseñaron cebadores específicos para PCR en tiempo real. Los resultados muestran que se ha aislado, clonado y secuenciado un segmento del gen codante de actina de M. dubia y detectado su expresión en hojas, pulpa y cáscara de M. dubia. Así, con el soporte de herramientas bioinformáticas y uso de técnicas de biología molecular hemos aislado, clonado y secuenciado un segmento del gen codante de la actina de M. dubia. Asimismo, los análisis realizados muestran que el gen se expresa y presenta niveles similares de expresión en hojas, pulpa y cáscara de M. dubia. Sin embargo, es necesario realizar más experimentos a fin de verificar su estabilidad de expresión.
Myrciaria dubia “camu-camu” es un frutal amazónico caracterizado por su amplia variación de vitamina C. Pero los estudios genético moleculares que puedan explicar esta variación son limitados. Por ...ello nuestro objetivo fue realizar la clonación y filogenia molecular de un segmento del gen codante de la actina de M. dubia. Las muestras fueron obtenidas de la colección de germoplasma del INIA. Luego, el ARN fue purificado y mediante RT-PCR con cebadores degenerados se amplificó un segmento del gen. En base a la secuencia obtenida se diseñaron cebadores específicos para PCR en tiempo real. Los resultados muestran que se ha aislado, clonado y secuenciado un segmento del gen codante de actina de M. dubia y detectado su expresión en hojas, pulpa y cáscara de M. dubia. Así, con el soporte de herramientas bioinformáticas y uso de técnicas de biología molecular hemos aislado, clonado y secuenciado un segmento del gen codante de la actina de M. dubia. Asimismo, los análisis realizados muestran que el gen se expresa y presenta niveles similares de expresión en hojas, pulpa y cáscara de M. dubia. Sin embargo, es necesario realizar más experimentos a fin de verificar su estabilidad de expresión.
Introducción: La esplenectomía representa una herramienta diagnóstica y terapéutica para múltiples patologías hematológicas benignas y malignas. Se presenta el análisis de una cohorte de pacientes ...esplenectomizados por enfermedad hematológica en la Fundación Santa Fe de Bogotá. Materiales y métodos: entre 2004 y 2011, se identificaron 30 pacientes esplenectomizados por indicación hematológica benigna (n = 23) y maligna (n = 7). Se evaluaron las historias clínicas respecto de diversos parámetros y desenlaces a largo plazo. Resultados: La edad promedio de los sujetos fue de 54 años; la mayoría fueron mujeres (64%) y la patología más frecuente fue la trombocitopenia inmunológica (60%). Previo al procedimiento, el 23% requirió algún tipo de soporte transfusional y en el 60% la esplenectomía se utilizó como primera o segunda línea terapéutica. En cuatro casos, el procedimiento se hizo como método diagnóstico y en otros tres, no hubo información de seguimiento. El análisis de desenlaces se realizó sobre 23 pacientes. Durante los primeros 30 días posoperatorios, se presentaron complicaciones infecciosas (17.4%) y hemorrágicas (13%) sin ninguna muerte atribuible al procedimiento. El 78% tuvo respuesta hematológica global y la mediana de supervivencia global fue de 133 meses (r, 108 a 157), período que fue menor entre quienes tuvieron dependencia transfusional preoperatoria (p = 0.04) y para quienes lograron la respuesta hematológica (p = 0.026). La tasa de complicaciones a largo plazo fue inferior al 10%. Conclusiones: La esplenectomía obtiene frecuencias importantes de respuesta para patologías benignas y malignas de la sangre y se corresponde con una elevada supervivencia global relacionada a una baja tasa de complicaciones a largo plazo. La supervivencia se modifica principalmente por la dependencia transfusional preoperatoria, por lo que se sugiere explorar esta variable como determinante en otros estudios.
In this work, a bottom-up multiscale modeling approach is developed to estimate the effective elastic moduli of Carbon NanoTube (CNT)-reinforced polymer composites. The homogenization process ...comprises two successive steps, including an atomistic-based computational model and a micromechanics approach at the nano- and micro-scales, respectively. Firstly, the atomistic-based finite element model defines a cylindrical Representative Volume Element (RVE) that accounts for a carbon nanotube, the immediately surrounding matrix, and the CNT/polymer interface. The carbon-carbon bonds of the CNT are modeled using Timoshenko beams, whilst three-dimensional solid elements are used for the surrounding matrix. Through the application of four loading conditions, the RVEs are homogenized into transversely isotropic equivalent fibers by equating the associated strain energies. Secondly, the equivalent fibers are employed in a micromechanics approach to estimate the macroscopic response of non-dilute composites. This is performed using both the analytical Mori-Tanaka model and a computational RVE model with a hexagonal packing geometry. A wide spectrum of single- and multi-walled carbon nanotubes are studied, as well as two different polymeric matrices. Furthermore, the so-called efficiency parameters, imperative for the application of the simplified extended rule of mixtures, are characterized by polynomial expressions for practical filler contents. Finally, detailed parametric analyses are also provided to give insight into the sensitivity of the macroscopic response of CNT-reinforced polymer composites to microstructural features such as filler volume fraction, chirality or aspect ratio.
•An atomistic-based FEM is used in conjunction with a micromechanics approach.•Analytical and numerical micromechanics approaches are compared.•The elastic moduli of equivalent fibers are provided for numerous SWCNTs and MWCNTs.•Efficiency parameters have been fitted by polynomial expressions.
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