Molekularno-epidemiološke studije, zasnovane na genotipizaciji kliničkih izolata M. tuberculosis, daju novu dimenziju metodama deskriptivne epidemiologije i omogućavaju praćenje prijenosa infekcije ...na globalnoj, nacionalnoj ili lokalnoj razini. Genotipizacija svih kliničkih izolata izoliranih u novooboljelih bolesnika u Hrvatskoj provodi se od 2007. godine. Koristi se metoda MIRU-VNTR, a rezultat genotipizacije je 15-člani numerički kod koji se pohranjuje u nacionalnu bazu genotipova M. tuberculosis. U ovom radu prikazan je presjek mogućnosti primjene rezultata genotipizacije u praćenju prijenosa tuberkuloze kao što su dokaz postojanja mikroepidemije ili lažno pozitivnih kultura, otkrivanje prijenosa koji nije uočen metodama deskriptivne epidemiologije, prijenos tuberkuloze sa čovjeka na životinju i obrnuto te ostalo.
Hantavirusi (rod Hantavirus, porodica Bunyaviridae) predstavljaju pravi primjer emergentnih virusa koji u ljudi uzrokuju dva različita sindroma: hemoragijsku vrućicu s bubrežnim sindromom i ...hantavirusni plućni sindrom. Od kada je izoliran prototip virusa ovoga roda, virus Hantaan, do danas, opisano je više od 20 novih vrsta hantavirusa , a čiji broj se rapidno povećava. Hantavirusi su negativni RNK-virusi od kojih se svaki održava u specifičnoj vrsti glodavaca. Zajedno sa svojim domaćinima rasprostranjeni su širom svijeta. Filogenetska analiza hantavirusa i njihovih domaćina glodavaca pokazuje da se njihova evolucijska stabla preklapaju što upućuje na to da su ovi virusi koevoluirali sa svojim domaćinima glodavcima preko 20 do 30 miliona godina. Razumijevanje ovog fenomena može poboljšati našu sposobnost da predvidimo gdje bi novi hantavirusi mogli biti pronađeni, jesu li oni patogeni za ljude, koji bi hantavirusi bili najbolji kandidati za razvoj cjepiva, te za poboljšavanje postojećih dijagnostičkih metoda za ljude ili praćenje glodavaca na različitim geografskim područjima.
Virus mumpsa uzročnik je zaušnjaka, bolesti koja se može prevenirati cijepljenjem. Mumps je RNK virus koji se u kliničkim uzorcima i u supernatantima inficiranih staničnih kultura nakon izolacije RNK ...može detektirati RT-PCR testom. Prednosti RT-PCR testa su brzina, specifičnost i mogućnost detekcije malog broja kopija virusa. Genskom karakterizacijom i genotipizacijom virusa omogućeno je epidemiološko praćenje distribucije i cirkuliranja divljih tipova virusa mumpsa koji uzrokuju epidemije i u procijepljenim populacijama. Molekularna detekcija i genska karakterizacija divljih i cjepnih virusa mumpsa provodi se u Republici Hrvatskoj od kraja 90-tih godina.
Svrha ovog rada bila je odrediti molekularnu epidemiologiju djelomičnih sekvencija gena G virusa bjesnoće u terenskim uzorcima pozitivnima na bjesnoću iz različitih područja Litve te ih filogenetski ...usporediti s različitim izolatima virusa bjesnoće iz divljih mesojeda na području Baltičkog jezera, Europe i Rusije. Pretraženo je 20 uzoraka tkiva mozga bijesnih životinja prikupljenih u razdoblju od 2006. do 2011. Višestruka poravnanja sekvencija od 358 nukleotida gena G (nt 3324-3682) učinjena su pomoću programa ClustalW. Filogenetska i molekularno evolucijska analiza provedena je metodom združivanja genetski najsličnijih sojeva (engl. Neighbour-joining method) u MEGA verziji 4. Filogenetska istraživanja glikoproteina virusa naznačuju da su G-sekvencije izolata litavskoga virusa bjesnoće usko srodne i pokazuju 89,8-98,9 % nt identičnosti. G-sekvencije izolata virusa bjesnoće iz litavskog rakunskog psa i crvenih lisica bile su sačuvanije (97,2 % nt identičnosti) nego izolati virusa bjesnoće izdvojeni iz rakunskog psa (95,1 % nt identičnosti). G-sekvencije dvaju izolata iz litavskih rakunskih pasa bile su prilično divergentne (90,8 i 91,2 % nt identičnosti) i usko srodne s G-sekvencijama izolata virusa bjesnoće iz Estonije (92,5 % nt identičnosti), Rusije (91,0 %) i Poljske (89,3 %). Komparativno istraživanje G-sekvencije litavskih izolata virusa bjesnoće i različitih izolata iz Njemačke, Slovenije i Francuske pokazalo je 84,2 % nt identičnosti, dok je identičnost između G-sekvencije između litavskih izolata virusa bjesnoće i ruskih izolata bila na razini 88,1 % nt identičnosti.
Mikrobiološka dijagnostika tuberkuloze temeljna je točka svakog nacionalnog programa za kontrolu tuberkuloze. U Međimurskoj
županiji je godišnja incidencija na razini prosjeka Hrvatske, osim u 2009. ...godini kada je u Međimurskoj županiji iznosila 23/100.000 naspram 19/100.000 u Hrvatskoj. Cilj ovoga rada bio je analizirati laboratorijske rezultate (po dobi, spolu, osjetljivosti, genotipu) u kontroli tuberkuloze u Međimurskoj županiji. Na Odjelu za dijagnostiku tuberkuloze Hrvatskog zavoda za javno zdravstvo – na nacionalnoj razini provodi se prospektivna studija genotipizacije izolata Mycobacterium tuberculosis. Kao molekularna metoda za genotipizaciju članova M. tuberculosis kompleksa koristi se metoda MIRU-VNTR (engl. Mycobacterial Interspersed Repetitive Units, MIRU; Variable Number of Tandem Repeats, VNTR). U razdoblju od 2007. do 2009. godine tipizirano je ukupno 59 sojeva bolesnika iz Međimurske županije, od kojih je 27 (45,8%) jedinstvenog genotipa, a 32 (54,2%) je raspodijeljeno u ukupno 22 klastera (2 ili više sojeva identičnog genotipa) s brojem pripadajućih sojeva od 2 do 22. Od ukupno 22, dva klastera čine sojevi izolirani isključivo u Međimurskoj županiji. Osim što su ti sojevi karakteristični za Županiju, bolesnici u kojih su izolirani najvjerojatnije pripadaju istim putevima prijenosa. Ostalih 25 sojeva u klasterima je raspodijeljeno u ukupno 20 klastera, pri čemu su ostali sojevi izolirani u bolesnika koji dolaze iz drugih županija. Relativno visoki postotak sojeva jedinstvenog genotipa ukazuje da je stupanj nedavnog prijenosa bolesti relativno nizak. Rezultati molekularne epidemiologije ukazuju na učinkovitost protuepidemijskih mjera otkrivanjem neočekivanih puteva prijenosa, identificiranjem sojeva koji su prisutni u određenoj zajednici i imaju veću mogućnost izazivanja bolesti.
Sažetak Tuberkuloza je kao bolest u Hrvatskoj prisutna već stoljećima. Uz kliničara i epidemiologa u kontroli bolesti ključna je i uloga laboratorija te mikrobiologa koji mora u što kraćem vremenu ...javiti pozitivan nalaz. Uz laboratorijske metode stare i preko sto godina, kao što je bojanje po Ziehl-Neelsenu, danas nam je na raspolaganju cijeli niz novih tehnika; od kultivacije na tekućim podlogama pa sve do niza brzih molekularnih testova za detekciju mikrobakterija i otkrivanje rezistencije. Jedan od najvažnijih testova novije generacije je GeneXpert, automatizirani sistem koji omogućuje otkrivanje bacila direktno u uzorku za manje od dva sata. Postoji napredak i u obuhvatu kontakata u vidu IGRA testova koji imaju značajno bolju osjetljivost i specifičnost od do sada korištenog PPD testa. Kao pomoć epidemiološkom praćenju prijenosa tuberkuloze osobito je korisna MIRU-VNTR metoda kojom možemo potvrditi, odbaciti ili ukazati na mogućnost prijenosa infekcije.
Provider: - Institution: - Data provided by Europeana Collections- Fitoplazme ('Candidatus Phytoplasma') su nekultivabilne bakterije bez stanične stjenke izrazito reduciranih genoma koje parazitiraju ...u floemu biljaka i stanicama kukaca. Gospodarski značajne bolesti žutica vinove loze (grapevine yellows; GY) uzrokuju fitoplazme ribosomskih skupina 16SrV-C i V-D (flavescence dorée; FD) i 16SrXII-A (stolbur; bois noir; BN, ‘Candidatus Phytoplasma solani’). Iako uzrokuju gotovo jednake simptome, ove se fitoplazme razlikuju u epidemiologiji te je njihova precizna identifikacija neophodna. Filogenija fitoplazmi temelji se na polimorfizmu evolucijski očuvane genske regije za 16S rRNA, čestom bakterijskom filogenetskom markeru (Gundersen et al., 1994; IRPCM, 2004). Međutim, molekularne analize genske regije 16S rDNA nisu dovoljne za utvrđivanje varijabilnosti među izolatima fitoplazmi unutar iste skupine, te se uz tu regiju analiziraju i dodatni molekularni fitoplazmatski markeri. Identifikacija i karakterizacija fitoplazmi ima značajnu ulogu u epidemiologiji i monitoringu fitoplazmoza. Preciznija klasifikacija fitoplazmi ribosomskih skupina 16SrXII-A i 16SrV vrlo je važna u određivanju točnog uzroka i porijekla novih pojava ekonomskih važnih fitoplazmoza te predviđanju smjera njihovog širenja. Metoda multigenske analize (multilocus sequence typing; MLST) temelji se na istraživanju varijabilnosti evolucijski različito konzerviranih gena. Pri istraživanju fitoplazmi multigenskom metodom ciljani molekularni markeri su najčešće konstitutivni (housekeeping) geni, ali i varijabilni geni specifični za određenu vrstu kao što su geni koji kodiraju za membranske proteine. MLST predstavlja reproducibilan i mjerljiv sustav prikladan za epidemiološke studije jer za karakterizaciju istraživanih izolata pojedinih patogena koristi nukleotidne sljedove koji su lako usporedivi s nukleotidnim sljedovima drugih izolata. Cilj ovog istraživanja bio je provesti multigensku tipizaciju izolata fitoplazmi ribosomske skupine 16SrXII-A analizom gena tuf, vmp1, secY i stamp te izolata fitoplazmi ribosomske skupine 16SrV analizom gena map, secY, uvrB-degV i vmpA i izoliranih iz zaraženih trsova vinove loze (Vitis vinifera L.), kukaca-vektora i korovnih biljaka s područja Hrvatske te pritom istražiti varijabilnost spomenutih izolata. Premda prethodna istraživanja upućuju na značajnu gensku varijabilnost fitoplazmi unutar skupine 16SrXII-A (Langer i Maixner, 2004; Šeruga Musić et al., 2008; Cimerman et al., 2009; Fialova et al., 2009; Aryan et al., 2014) iznenađujuć je broj genotipova utvrđen analizom izolata fitoplazme BN (stolbur) u Hrvatskoj u okviru ove disertacije. Iako je variabilnost BN fitoplazme već bila predmet ranijih istraživanja (Šeruga Musić et al., 2011), ovako detaljna i opsežna tipizacija izolata fitoplazme BN provedena je po prvi put. Temeljem multigenske analize zabilježeno je 3 tuf, 5 secY, 7 vmp1 te čak 10 stamp filogenetskih skupina. Njihovom kombinacijom u pojedinim izolatima utvrđeno je čak sedamnaest različitih genotipova od čega su tri genotipa bila zastupljena većim brojem uzoraka. Najzastupljeniji genotip bio je S6-ST6-V18-tuf-b (24%), zatim S1-ST9-V4-tuf-b (15%) te S39-S46-V3-tuf-a (12%) koji zajedno obuhvaćaju više od polovice analiziranih izolata. Prisutnost drugih genotipova zabilježena je u znatno manjem broju izolata. Geni vmp1 i stamp ali i gen secY pokazali su se znatno varijabilnijim i informativnijim markerima u odnosu na gen tuf omogućivši preciznije razlučivanje između blisko povezanih izolata fitoplazme BN. Uspoređujući rezultate dobivene analizom pojedinih gena s rezultatima istraživanja drugih zemalja može se utvrditi epidemiološki značaj pojedinih tipova izolata. Tako prisutnost oba tuf tipa, tuf-a i tuf-b ukazuje na uključenost obe korovne biljke Urtica dioica L. i Convolvulus arvensis L. u BN epidemiologiju u Hrvatskoj. Analiza secY gena potvrdila je genotip S6 kao jedan od najučestalijih u Europi (Foissac et al., 2013b). Od dva prevladavajuća vmp1 profila u Hrvatskoj, V4, zabilježen je i kao prevladavajuć u Republici Makedoniji (Kostadinovska et al., 2014) te kao široko rasprostranjen genotip u Euro-Mediteranskom području (Foissac et al., 2013). Također je utvrđena podudarnost u povezanosti V3 i tuf a genotipa (Foissac et al., 2013) kao i u Španjolskoj (Sabaté et al., 2014). Uz to, pronalazak V2-TA profila, prvotno potvrđen u kukcu Reptalus panzeri i vinovoj lozi u Srbiji (Cvrković et al., 2014) a zatim i u Republici Makedoniji (Kostadinovska et al., 2014) sugerira nove mogućnosti rasprostranjenja BN fitoplazme. U pogledu analize gena stamp, izolati BN fitoplazme iz Hrvatske mogu se svrstati u dva od četiri velika genetska klastera – klaster IA u koje se ubrajaju i zemlje zapadne Europe: Španjolska, Italija i Francuska te klaster II u koje se ubraja središnja Europa i Balkan: Njemačka, Bugarska, Mađarska i Republika Makedonija. U sklopu ove disertacije po prvi puta je napravljena detaljna karakterizacija fitoplazme FD utvrđene u uzorcima vinove loze te u vektoru Scaphoideus titanus Ball. Provedene filogenetske analize nukleotidnih sljedova gena map fitoplazme FD pokazale su grupiranje u dvije FD skupine/klastera. Analize nukleotidnih sljedova gena uvrB-degV gena nisu u potpunosti pokazale pokazale podudarnost s rezultatima analize gena map i secY. Posebno interesantnom pokazala se analiza varijabilnog gena vmpA za čije istraživanje su u sklopu ove disertacije dizajnirane nove početnice. Sveukupno su utvrđena 2 map, 4 uvrB-degV i 5 secY genotipa. Filogenetska analiza vmpA gena pokazala je podjelu u 3 klastera demonstrirajući tako značajnu ulogu vmpA gena u istraživanju epidemiologije FD fitoplazme. Budući da se svaki map-FD klaster/skupina razlikuje po geografskoj rasprostranjenosti (map-FD2-Francuska i Italija; map-FD3 Italija, istočno europska regija), prisutnost map-FD2 i map-FD3 klastera u Hrvatskoj lakše je tumačiti u svjetlu podataka obivenih iz susjednih zemalja - Srbije gdje je utvrđen map-FD3 klaster (Kuzmanović et al., 2008) i Slovenije gdje je potvrđena prisutnost oba klastera (Mehle et al., 2011) koji sugeriraju moguće puteve unosa. Nalazi fitoplazme FD i BN, redom u vektorima S. titanus i Hyalesthes obsoletus Signoret. potvrdili su njihovu ulogu u rasprostranjivanju i prenošenju fitoplazmi u Hrvatskoj te dali uvid u kompleksnu ekologiju patosistema fitoplazma – vektor – biljka. U sklopu ove disertacije potvrđeni su prijašnji rezultati (Šeruga et al., 2000; Šeruga Musić et al., 2009) široke rasprostranjenosti fitoplazme BN u Hrvatskoj. Prisutnost fitoplazme FD u vinovoj lozi, prvi put utvrđena 2009. godine (Šeruga Musić et al., 2011) samo na jednoj lokaciji na području središnje Hrvatske, tijekom ovog istraživanja potvrđena je na nekoliko novih lokaliteta geografski udaljenih vinskih regija. U četiri godine istraživanja, uočena je tendencija širenja GY-bolesti a osobito pojavljivanja novih žarišta fitoplazme FD. Na pojedinim lokalitetima utvrđena je prisutnost obje fitoplazme, no pri analizama pojedinih izolata nije utvrđena zaraza iste biljke s oba uzročnika. Rezultati dobiveni u sklopu ove disertacije pružili su dublji uvid u raznolikost i rasprostranjenost, te epidemiološki značaj pojedinih tipova izolata fitoplazmi vinove loze prisutnih na teritoriju Republike Hrvatske. Prikupljeni molekularni podaci omogućili su usporedbu podataka sa studijama drugih zemalja na tom području i ukazali na mogući put unosa patogena u Hrvatsku što je osobito bitno za karantensku fitoplazmu FD. Dokazana je vrijednost multigenske analize kao učinkovite, ponovljive i pouzdane metode u diferencijaciji između srodnih sojeva fitoplazmi.- Phytoplasmas ('Candidatus Phytoplasma') are non-cultivable wall-less bacteria found in plant phloem and insect vector cells. Economically important Grapevine yellows (GY) diseases in Croatia are caused by phytoplasmas belonging to the ribosomal groups 16SrV-C and -D (flavescence dorée; FD) and 16SrXII-A (stolbur; bois noir; BN, ‘Candidatus Phytoplasma solani’) which cause similar symptoms but differ considerably in epidemiology. The aim of this thesis was to analyse BN and FD phytoplasma genetic variability through multilocus sequence typing (MLST) of molecular markers differing in conservation and evolution from infected grapevine (Vitis vinifera L.), wild plants and insect vectors collected in Croatia. MLST analysis of BN phytoplasma isolates revealed the presence of 17 different genotypes encompasing three tuf, five secY, seven vmp1 and ten stamp genotypes. The analysis of FD phytoplasma isolates demonstrated the existence of two map, four uvrB-degV and five secY genotypes. The vmpA gene analysis discriminated three clusters. This is the first multigene genotyping performed on FD phytoplasma isolates and first extensive research on BN phytoplasma isolates in Croatia. Results obtained through this comprehensive four-year research revealed considerable genetic diversity of epidemiological relevance and the geographical distribution of differentiated grapevine phytoplasmas strains. Furthermore, possible paths of pathogen introduction in Croatia are indicated.- All metadata published by Europeana are available free of restriction under the Creative Commons CC0 1.0 Universal Public Domain Dedication. However, Europeana requests that you actively acknowledge and give attribution to all metadata sources including Europeana
Za velik broj kemijskih i fizikalnih agenasa dokazano je da su mutageni i/ili karcinogeni. Mutageneza i karcinogeneza najčešće se razmatraju zajedno kao potencijalni rizici za ljudsko zdravlje. Za ...otkrivanje ranih učinaka karcinogena na profesionalno izloženim osobama rabe se citogenetičke metode biomonitoringa, koje uključuju utvrđivanje mikroskopski vidljivih oštećenja kromosoma u somatskim stanicama u uvjetima in vitro. Povećani broj kromosomskih oštećenja može služiti kao indikator izloženosti genotoksičnim agensima i upućivati na potencijalni rizik od pojave raka na razini pojedine izložene skupine. Brojna istraživanja dokazala su da se kromosomske nepravilnosti mogu dovesti u vezu s pojavom i razvojem raka. Poznato je da su displazije i premaligna stanja često praćena kromosomskom nestabilnosti i da su specifične kromosomske aberacije povezane s pojedinim tipovima raka. Kromosomske aberacije u limfocitima periferne krvi najosjetljiviji su biomarker za procjenu rizika od pojave raka, s obzirom na to da odražavaju rane biološke učinke genotoksičnih karcinogena na nasljedni materijal te individualnu osjetljivost prema nastanku raka.
