Nova generacija sekvenciranja predstavlja znatan tehnološki napredak koji omogućuje velik napredak u poznavanju genoma životinja te sve širu primjenu u različitim područjima veterinarske medicine. ...Danas se napredne tehnologije primjenjuju u sekvenciranju cijelog genoma životinja, sekvenciranju njihovih egzoma, ciljanom sekvenciranju DNK fragmenata i sekvenciranju RNK. Ovaj pregled usmjeren je na trenutačna dostignuća, primjenu i izazove povezane s uporabom naprednih tehnologija sekvenciranja. Prikazana je i primjena tehnologije nove generacije sekvenciranja u genomici životinja kao i njezin daljnji razvoj i buduća primjena.
Završetkom projekta sekvenciranja ljudskoga genoma, omogućen je znatan napredak u molekularnoj biologiji čime se otvaraju novi viditci, kao i mogućnosti i u veterinarskoj medicini. Nova generacija ...sekvenciranja predstavlja znatan tehnološki napredak, koji omogućuje velik napredak u poznavanju genoma životinja te sve širu primjenu u različitim područjima veterinarske medicine. U radu su podrobno opisane različite metode novih generacija sekvenciranja, navodeći prednosti i nedostatke svake od platformi, prikazana je i povijest razvoja sekvenciranja kao i njezin daljnji razvoj i buduća primjena.
Gene expression analysis by quantitative reverse transcription polymerase chain reaction (RT-qPCR) allows accurate and sensitive measurment of gene expression levels. However, a series of steps needs ...to be taken to ensure the relevance, accuracy, correct interpretation and repeatability of the RT-qPCR experiment. We describe here a simple experiment of determining relative gene expression for caspase 8 gene in chicken chondrocytes treated with an apoptosis inducing compound 5-fluorouracil. We use this example to point out some important guidelines in setting up a gene expression study in tissue cells, analyzing and interpreting the results and reporting on the findings.
Analiza izražanja genov z metodo reverznega pomnoževanja in kvantitativne verižne reakcije s polimerazo v realnem času (RT-qPCR) omogoča natančno in občutljivo določanje nivoja izražanja tarčnih genov. Vendar je za zagotavljanje točnosti, natančne interpretacije in ponovljivosti eksperimenta, predvsem pa relevantnosti rezultatov, pomembno natančno poznavanje korakov postopka. V tem prispevku opisujemo enostaven poskus, v katerem smo v celični liniji kokošjih hondrocitov, ki smo jih tretirali s spojino 5-fluorouracil, ki sproži apoptozo, določili relativno izražanje gena, ki kodira encim kaspazo 8. Ta primer smo uporabili za izpostavitev nekaterih pomembnih smernic pri oblikovanju študije izražanja genov v tkivnih celicah, analizi in interpretaciji rezultatov ter oblikovanju zaključkov.
Osteogenesis imperfecta (OI) je obilježena prijelomima uz minimalnu ili odsutnu traumu i predstavlja kontinuum u rasponu od
perinatalne smrtnosti, osobe s teškim skeletnim deformitetima do gotovo ...asimptomatskih osoba s niskom sklonošću prijelomima.
Dijagnosticiranje OI je interdisciplinski zadatak koji se temelji na obiteljskoj i/ili bolesnikovoj povijesti prijeloma u kombinaciji sa
znakovitim fi zičkim nalazima. Radiografsko snimanje otkriva prijelome različite starosti i stadija zaraštanja, Wormove kosti i osteopeniju.
Kako nema konačnog testa za OI, molekularno genetsko testiranje pomoću next generation sequencing (NGS) gena COL1A1
i COL1A2 te do 12 drugih gena bitno je za potvrdu genetske podloge. Stoga smo izradili NGS genski panel koji sadrži 12 gena uključenih
u OI ili tešku osteoporozu. Prikazujemo rezultate dobivene u nizu od 11 očito sporadičnih mladih bolesnika s OI, svi potomci
nezahvaćenih roditelja, koji su bili upućeni na ortopedsku kirurgiju u Specijalnoj bolnici sv. Katarina u Zaboku/Zagrebu. Deset od tih
11 bolesnika mogli smo genetski klasifi cirati. Sveukupno, uključena su bila tri gena u različitim postocima u našem nizu bolesnika:
COL1A1 (63,6%), COL1A2 (18,18%) i WNT1 (9,09%).
Osteogenesis imperfecta (OI) ili bolest krhkih kostiju je metabolička bolest kostiju obilježena krhkim kostima, niskom koštanom
masom i povišenom stopom lomova i deformiteta kostiju. Klinička ...prezentacija bolesnika s OI veoma je raznolika, od blagog do
teškog i smrtonosnog tipa OI. Napretkom molekularne biologije i istraživanjima na životinjskim modelima OI nađeno je najmanje
16 novih gena uključenih u patogenezu OI. Većina mutacija su autosomno dominantne i zahvaćaju gene COL1A1 i COL1A2 koji su
odgovorni za sintezu kolagena. Preostalih 10%-15% mutacija u OI su autosomno recesivne i zahvaćaju gene uključene u razne
metaboličke procese u kostima. Sve bolje razumijevanje metabolizma kostiju i genetski inženjering nude nove potencijalne terapijske
mogućnosti koje su u različitim fazama ispitivanja.
PDF
