Kraška polja v Sloveniji Stepišnik, Uroš
Dela (Univerza v Ljubljani. Oddelek za geografijo),
08/2021
53
Journal Article
Recenzirano
Odprti dostop
Kraška polja so kotanje v krasu, ki so zelo pogoste zlasti na Dinarskem krasu. Kljub številnim skupnim značilnostim se pojavljajo v zelo različnih kraških okoljih in delujejo na različne načine. V ...raziskavi je predstavljena nova tipizacija kraških polj, ki poenostavlja dosedanje tipizacije. Polja opredeljuje glede na geomorfološko okolje, v katerem se pojavljajo, kot ojezerjena, prelivna, pritočna in predledeniška. V raziskavi smo na osnovi nove tipizacije opredelili vseh 35 kraških polj v Sloveniji.
The aim of this study was the isolation, identification, phylogenetic analysis and antifungal susceptibility of Candida spp. from milk samples
of healthy and mastitic cows in Kayseri/Turkey. Milk ...samples from 300 cows were found to be negative/positive for mastitis with the California
Mastitis Test. Candida spp. was isolated by using the Brillance Candida
Agar Base. Phenotypic tests, Matrix Assisted Laser Desorption Ionization - Time of Flight (MALDI-TOF), and VITEK-2 analyses were applied to confirm the obtained isolates. Resistance to flucytosine, fluconazole and caspofungin antifungals of the isolates were determined by Etest and VITEK-2. The genetic homologies of Candida spp. isolates were determined by Repetitive Extragenic Palindromic-PCR (RepPCR). In this study 62 (from 53 healthy, 9 mastitic) yeast isolates were obtained
and 37 (59.6 %) were identified as non-albicans Candida (NAC) species. Phenotypic tests revealed that out of 62 isolates, 29 (46.7 %), 4 (6.5 %), 3 (4.8 %), 1 (1.6 %) and, 24 (38.7 %) were identified as Candida lusitaniae, Candida catenulate, Candida tropicalis, Candida silvicola and other yeast species, respectively. Only one sample (1.6 %) was identified as Candida albicans by MALDI-TOF however, according to VITEK-2, the agent was not confirmed as C. albicans. According to antifungal susceptibility testing by VITEK-2, one (2.7 %) of the isolates was resistant to fluconazole, one (2.7 %) was resistant to caspofungin, and 4 (10.8 %) were resistant to flucytosine. However, using E test, 10 isolates (27 %) were resistant to flucytosine. Using Rep-PCR, eight genotypic clones were observed. Genotype F (13.8 %) and G
(13.8 %; 2 subtypes) were common clones in this study. In conclusion, NAC species were detected in healthy and mastitic cow milk samples. Epidemiological studies need to be conducted to track effectively the main source and to understand the diversity and distribution of the agent. It is necessary to consider the potential risks of yeast contamination in milk for public health. It is essential to focus on adequate sanitation procedures and storage conditions of milk.
Cilj ovog istraživanja bila je izolacija, identifikacija, filogenetska analiza i analiza antifungalne podložnosti vrste Candida spp. iz uzoraka mlijeka zdravih i mastitičnih krava muzara s područja Kayseri u Turskoj. Uzorci mlijeka izuzeti od 300 krava analizirani su pomoću California Mastitis Test-a na prisutnost mastitisa. Candida spp. izolirana je pomoću selektivne podloge Brillance Candida Agar Base. Za potvrđivanje dobivenih izolata korišteni su fenotipski testovi, MALDI-TOF masena spektrometrija i VITEK-2 analize. Rezistencija izolata na fungicide fluktozin, flukonazol i kaspofungin testirana je primjenom Etesta i VITEK-2. Genetski homolozi izolata vrste Candida spp. određeni su primjenom RepPCR metode. U ovom istraživanju ispitivana su 62 izolata (53 od zdravih, 9 od mastitičnih krava) kvasca, a 37 (59,6 %) ih je identificirano da ne pripadaju vrsti Candida albicans (NAC). Fenotipski testovi pokazali su da od 62 izolata, njih 29 (46,7 %), 4 (6,5 %), 3 (4,8 %), 1 (1,6 %) i 24 (38,7 %) identificirani su kao sojevi Candida lusitaniae, Candida catenulate, Candida tropicalis, Candida silvicola te neke druge vrste kvasaca. Samo je jedan uzorak (1,6 %) identificiran kao Candida albicans pomoću metode MALDI-TOF, no nije potvrđen i metodom VITEK-2. Prema testiranju antifungalne osjetljivosti metodom VITEK-2, jedan (2,7 %) od izolata je bio rezistentan na flukonazol, jedan (2,7 %) na kaspofungin, i 4 (10,8 %) bili su rezistentni na flucitozin. Međutim, primjenom E testa, 10 izolata (27 %) bilo je rezistentno na flucitozin. Primjenom Rep-PCR metode utvrđeno je osam genotipskih klonova. Najčešći klonovi određeni u ovom istraživanju bili su genotipi F (13,8 %) i G (13,8 %; 2 podtipa). Zaključno, prisutnost NAC vrsta utvrđena je u uzorcima mlijeka i zdravih i mastitičnih krava. Potrebno je provesti epidemiološke studije kako bi se efikasno utvrdio glavni izvor istih te kako bi se razumjela raznolikost i distribucija klonova. Nužno je uzeti u obzir potencijalne rizike kontaminacije mlijeka kvascima s aspekta zaštite javnog zdravlja. Stoga je prijeko potrebno fokusirati se na odgovarajuće procedure sanitacije i osiguravanje adekvatnih uvjeta skladištenja mlijeka.
The second part of the article aims to specify the paradox of subjectivity and to explicate the phenomenological foundations of the methodology of the social sciences. There are four main problems. ...They are following: first, the problem of the relation between sociology and philosophy; second, the problem of the relation between “I” and “It”; third, the problem of the relation between ideal types and practical typification; fourth, the problem of the relation between phenomenological epoché and epoché of the natural attitude.
Antroje esė dalyje nagrinėjama subjektyvumo problema. Pirma, eksplikuojamas žmogaus subjektyvumo paradoksas trijuose – filosofijos, socialinių mokslų metodologijos ir natūraliosios laikysenos – lygmenyse. Antra, tikslinami galimo profesinio darbo pasidalijimo tarp filosofijos ir socialinių mokslų subjektyvumo tyrimų srityje aspektai. Trečia, išskleidžiama fenomenologiškai grindžiama Aš ir Tai skirtis. Ketvirta, analizuojama praktinių tipizacijų ir idealiųjų tipų skirtis atskleidžiant ikipredikatinio subjektyvumo kasdieniame pasaulyje ir tematizuojamo subjektyvumo moksliniame pasaulyje reikšmes. Kritiškai svarstoma skirtis tarp natūralistinės laikysenos ir fenomenologinės laikysenos.
Različite metode genotipizacije omogućuju razlikovanje bakterijskih sojeva ispod razine vrste ili podvrste. Gel elektroforeza u pulsirajućem polju (PFGE) neprestano se usavršava od 1980-tih godina i ...do danas je upotrebljavaju mnogi javnozdravstveni laboratoriji. Od ostalih metoda koriste se: metoda analize duljine polimorfizma restrikcijskih odsječaka (RFLP), metoda nasumično umnoženih poliformnih odsječaka (RAPD) i metoda ribotipizacije. Određivanje redoslijeda nukleotidnih sljedova unutar DNK naziva se sekvenciranje. Na osnovi sekvenciranja bazira se rad novih metoda tipizacije određivanjem sljedova nukleotida na više genskih lokusa poput MLST, rMLST i cgMLST. One istražuju odnose između bakterija roda Campylobacter, posebice C. jejuni i C. coli. Korisne su u istraživanju mogućih izvora i rezervoara uzročnika bolesti, njihovih odnosa te molekularne epidemiologije bolesti. Metoda sekvenciranja cijelog genoma (WGS) u mikrobiologiji revolucionarna je metoda za koju se smatra da će postupno zamijeniti ostale metode genotipizacije.
U radu se razmatra stupanj ostarjelosti stanovništva 6508 seoskih naselja Hrvatske. Upotrijebljen je posebni model bodovnog pokazatelja ostarjelosti. Tipizacija koja se temelji na bodovnoj ...vrijednosti ima sedam tipova (stupnjeva) ostarjelosti: 1 – na pragu starenja, 2 – starenje, 3 – starost, 4 – duboka starost, 5 – vrlo duboka starost, 6 – izrazito duboka starost i 7 – krajnje duboka starost. Seoska populacija Hrvatske bodovana je sa 66,5 bodova, što znači da 2011. godine prema stupnju ostarjelosti pripada 4. tipu – duboka starost. Izračun za gradsku populaciju Hrvatske daje 67,0 bodova, što znači da također pripada 4. tipu – duboka starost. U Hrvatskoj je nastupila zrela posttranzicijska faza u promjeni dobnog sastava; obilježavaju je kontrakcija mlade skupine i ekspanzija stare (na djelu je poodmakli stupanj demografskog starenja) te smanjenje razlika među funkcionalnim skupinama stanovništva. Gube se tako i razlike između gradskog i seoskog stanovništva; obje populacije obilježava jednako visoki stupanj ostarjelosti. Ni među županijama razlike nisu velike, a glavnina je smještena unutar dva razreda; seosko stanovništvo četrnaest županija pripada 4. tipu, a pet županija 5. tipu. Najnepovoljnije je stanje u Ličko-senjskoj županiji, u kojoj seosko stanovništvo pripada 6. tipu. U čak 45% administrativnih jedinica (od ukupno 556) stanovništvo seoskih naselja zahvaćeno je vrlo visokim stupnjem ostarjelosti (tipovi 5, 6 i 7). Ostale administrativno-teritorijalne jedinice uglavnom pripadaju 4. tipu (37,9%) i 3. tipu ostarjelosti (16,5%). Nedvojbeno je da su hrvatska sela demografski opustošena. Na djelu je proces homogenizacije hrvatskoga seoskog prostora u smjeru sve višeg stupnja ostarjelosti stanovništva. Seoska naselja postaju zajednicama staračkih domaćinstava, bez mladih i nasljednika, većina i bez bioreprodukcijske moći za možebitni demografski oporavak. Može li selo računati na doseljavanje iz grada kada i samo gradsko stanovništvo boluje od depopulacije, denataliteta i demografskog starenja?
Background: In October 2010 an outbreak of staphylococcal food poisoning occurred in an elementary school with a kindergarten in Gorenjska. Methods: Using a questionnaire we performed a retrospective ...cohortanalytical epidemiological study. We calculated attack rate (AR) and relative risk for each food item. In patients we cultivated stools and vomit. We performed an onsite audit where the food samples, environmental samples, and swabs of the hands of the cooks were taken. We performed medical examination of those employed in the kitchen where specimens were taken for microbiological examination. Staphylococcal enterotoxins were detected with agglutination test SET RPLA (Oxoid) and genotypes determined by the pulsed-field gel electrophoresis (PFGE). Results: Out of 374 exposed 73 subjects got ill. Attack rate in the outbreak was 19,5 %. The most frequent symptoms were vomiting (87,7 %), stomach ache (75,3 %), diarrhea (64,2 %) and nausea ( 59,3 %). The highest relative risk (RR) were found for the meatloaf (RR= 24,2 (95 % CI 12,1-48,5; p<0,001)) and potato salad (RR= 19,4 (95 % CI 10,7 - 35,2; p<0,001)). Enterotoxin A producing S. aureus was isolated from hand of a cook, from potato salad and meatlof, from vomit and stools of patients. These strains had the same antibiotic sensitivity and were genetically closely related (96,3 %). Conclusions: In the article an optimal team approaches of a community epidemiologist and microbiologist in the occasion of outbreak are described. We confirmed epidemiologically related isolates and determined the importance of individual methods.
Campylobacteriosis is infectious disease of humans caused by thermophilic Campylobacter species, mainly C. jejuni and C. coli. It is a leading cause of human gastroenteritis today with more than 200 ...000 cases per year in the European Union. The epidemiology of the agent is not completely cleared, but number of investigation indicates that broiler meat plays an important role in human infection. This investigation was performed in order to determine presence of Campylobacter spp. on the broiler farms and slaughterhouses and to establish the genetic profiles and connections beetween the isolates. 233 samples taken at broiler farms (43 samples) and slaughterhouses (190 samples) were investigated, a s well as 7 human isolates and 2 reference strains C. jejuni ATCC 29428 and ATCC 33291. 43 isolates were collected on slaughterhouses and 5 on farms. 5 human isolates were tested. Strain identification was performed by multiplex-PCR analysis. Genotyping was performed by Random Amplified Polymorphic DNA (RAPD) and Repetitive Sequence-Based PCR (rep-PCR) with multiple primers. Best results were obtained with RAPD primers AP10, AK16 and DJP17. RAPD primers SPH1 and AG15, as well as rep-PCR primer (GTG)5 were partly informative and could be used in combination with the previous. There results suggest that molecular techniques RAPD and rep-PCR could be used for genotyping of Campylobacter species and epidemiology of the agent.
Kampilobakterioza je infektivno oboljenje ljudi koje uzrokuju termotolerantne vrste roda Campylobacter, prevashodno C. jejuni i C. coli. U savremenom svetu kampilobakterioza je vodeći uzročnik gastroenteritisa sa preko 200 000 obolelih na godišnjem nivou samo u Evropskoj uniji. Epidemiologija uzročnika nije u potpunosti razjašnjena, ali mnogobrojna istraživanja ukazuju na pileće meso kao jedan od glavnih izvora infekcije. U ovom istraživanju ispitano je prisustvo Campylobacter vrsta na teritoriji Republike Srbije, na farmama i klanicama živine, i izvršena tipizacija dobijenih izolata. Pregledano je 233 uzoraka poreklom od živine, od čega 190 sa klanica i 43 sa farmi. Ukupno je prikupljeno 48 Campylobacter spp. izolata, i to 43 sa klanica i 5 sa farmi. Takođe je ispitano 7 izolata poreklom od ljudi od kojih je 5 potvrđeno kao Campylobacter spp., a tipizirana su i 2 referentna soja C. jejuni ATCC 29428 i ATCC 33291. Izolati su potvrđeni do nivoa vrste multiplex-PCR metodom, a tipizacija je izvršena upotrebom Random Amplified Polymorphic DNA (RAPD) i Repetitive Sequence-Based PCR (rep-PCR) metoda uz upotrebu više prajmera. Kao visoko diskriminatorni pokazali su se RAPD prajmeri AP10, AK16 i DJP17, dok su RAPD prajmeri SPH1 i AG15) i rep-PCR prajmer (GTG)5 bili umereno diskriminatorni. Ovi rezultati sugerišu da primena molekularnih metoda RAPD i rep-PCR može biti korisna za tipizaciju izolata Campylobacter vrsta, a dobijeni rezultati se mogu koristiti u epidemiološkim istraživanjima.
Monitoring the transformation of the Slovene countryside revealed that there are relatively heavily urbanized flatland and valley areas, and on the other, peripheral areas where depopulation and the ...disintegration of the cultural landscape are increasingly pronounced.For the evaluation of the countryside and its typological division, objective criteria are selected that reflect the natural conditions, the principal characteristics of agriculture, and the fundamental demographic, economic, functional, housing, infrastructural, and environmental conditions. Overall, the evaluation is based on the level of individual settlements which enables thorough spatial differentiation. A complex evaluation is carried out by establishing the value and representation of individual groups of parameters and their corresponding weights. On the basis of partial syntheses, two synthetic maps of developmental movements in the countryside are presented that provide a solid foundation in the effort to ensure harmonious regional development.
Staphylococcus aureus jedan je od najčešćih uzročnika bolničkih infekcija, a i njegova je uloga u izvanbolničkoj sredini također velika, osobito nakon 90-ih godina prošlog stoljeća. Danas ...meticilin-rezistentni Staphylococcus aureus (MRSA) uzrokuje 40 – 70% stafilokoknih infekcija u jedinicama intenzivnog liječenja. Podaci o prevalenciji MRSA-e razlikuju se u različitim dijelovima svijeta i po različitim bolnicama. Javlja se od 0,6% u Norveškoj do 66,8% u Japanu, a 2008. je zamijećen trend opadanja prevalencija incidencije MRSA-e koji se nastavlja u različitim europskim zemljama, pa i u Hrvatskoj. MRSA se izdvaja iz kliničkih uzoraka kao dio dijagnostičkog postupka, a iz nadzornih kultura kao dio programa nadzora nad kliconoštvom. Identifikacija vrste S. aureus temelji se uglavnom na dokazu katalaze, koagulaze i DNA-aze, a postoje i komercijalni lateks-aglutinacijski testovi koji se temelje na dokazivanju specifičnih antigena bakterije S. aureus (npr. protein A). Meticilinska rezistencija vrste S. aureus može se dokazati testiranjem osjetljivosti na cefoksitin ili dokazom prisutnosti gena mecA odgovornog za meticilinsku rezistenciju. Postoje i automatizirani sustavi koji se rabe i za identifikaciju bakterija i za određivanje osjetljivosti. Dokazivanje MRSA-e u nadzornim uzorcima otežano je zbog prisutnosti normalne bakterijske flore te se, radi sprječavanja rasta ostalih bakterija, rabe različiti selektivni bujoni za prekonoćnu inkubaciju i/ili različite selektivne podloge (npr. kromogeni agar). Probir MRSA-e može se izvoditi i uz pomoć molekularnih testova, među kojima su najspecifičniji i najosjetljiviji oni iz treće generacije, koji kao cilj detekcije imaju cijelu regiju između SCCmec fragmenta i orfX (ne samo mecA gen). Tipizacija je važna kod MRSA-e jer omogućuje uvid u povezanost izolata, pomaže utvrditi prijenos patogena i otkriti izvor iz kojeg se širi. Fenotipskim metodama tipizacije uspoređujemo fenotipska svojstva bakterija i umnogome su zamijenjene metodama genotipizacije. Najvažnije su i najčešće korištene i citirane genotipizacijske metode: elektroforeza u pulsirajućem polju (Pulse-field Gel Electrophoresis-PFGE), zatim višelokusno sekvencijsko tipiziranje (Multi-locus Sequence Type-MLST) i sekvencioniranje regije koja kodira za protein A (sequencing of protein A region of Staphylococcus aureus - spa typing). Potrebno je istaknuti važnost točne i relativno brze dijagnostike MRSA-e u kliničkim i probirnim uzorcima.
Termofilni kampilobakteri vodeći su uzrok bakterijskog gastroenteritisa diljem svijeta koji se prenose hranom. Izvješća o njihovoj prevalenciji u Indiji su rijetka, a potpuno nedostaju izvješća o ...upotrebi molekularnih metoda za njihovu tipizaciju. U ovom je istraživanju bilo pretraženo ukupno 612 uzoraka i to 260 uzoraka stolice ljudi, 239 uzoraka izmeta peradi te 113 uzoraka izmeta goveda na prisutnost termofilnih kampilobaktera izravnim nasađivanjem na preinačen cefoperazon deoksikolatni agar s drvenim ugljenom. Uzročnik je bio identificiran uobičajenim testovima za određivanje morfologije i biokemijskih osobina. Kolonije kampilobaktera dokazane su samo u 43 pretražena uzorka. Daljnjim postupkom identifikacije na razini roda i vrste te potvrde višestrukom lančanom reakcijom polimerazom dokazano je da su četiri izolata iz ljudi i jedan iz goveda pripadali vrsti Campylobacter jejuni, dok je od 38 izolata iz peradi njih 29 (76,32 %) pripadalo vrsti C. coli, a 9 (23,68 %) vrsti C. jejuni. Istraživanjem genetske raznolikosti izolata na osnovi polimorfizma dužine restrikcijskog fragmenta gena flaA uporabom restrikcijskog enzima DdeI dokazano je 11 fla tipova među 14 izolata vrste C. jejuni i sedam fla tipova među 29 izolata C. coli. Analiza dendrograma je pokazala da je jedan izolat C. jejuni iz peradi bio identičan izolatu iz ljudi. Procijenjena prevalencija u ljudi iznosila je 1,54, u peradi 15,89, a u goveda 0,88 %, s relativno velikom prevalencijom vrste C. coli u peradi. Ovo je prvo istraživanje takve vrste u Indiji.
PDF
