Mikročipiranje se pokazalo najkorisnijom metodom označavanja životinja u veterinarskoj medicini i stočarstvu. Zbog visoke učinkovitosti i jednostavne primjene vrlo brzo je doseglo globalne razmjere. U Republici Hrvatskoj mikročipiranje smiju obavljati samo ovlašteni veterinari koji su dužni slijediti zakonski propisane upute o načinu implantacije. Mikročip je pasivan uređaj i svojom prisutnošću ne šteti organizmu. Od početka njegove uporabe kao uređaja za označavanje životinja, prijavljeno je svega nekoliko slučajeva nuspojava i istraživanja u svrhu proučavanja njegove biokompatibilnosti s organizmom. Među najčešćim neželjenim učincima spominju se pretjerane reakcije organizma, tumori, pogrešna implantacija te migracija kao daleko najzastupljenija pojava. Iako su nuspojave moguće, današnjim napretkom tehnologije, usavršavanjima u području biokompatibilnosti te trajanju mikročipova, njihov rizik sveden je na minimum. Uz sve navedeno, odgovornost veterinara za pravilnu implantaciju ima znatnu ulogu u smanjivanju tog rizika.