La higiene doméstica es un factor predisponente a la infección por microorganismos causantes de diarreas en escolares. El objetivo fue caracterizar determinantes de salud relacionados con enteropatógenos. El estudio fue descriptivo, retrospectivo y transversal en el período de mayo a diciembre del 2019, con un universo de 120 binomios cuidadores/escolares, de tres comunidades rurales de Santa Elena; muestreo probabilístico extraído de la base de datos secundarios de los laboratorios de Manglaralto y Monteverde del Ministerio de Salud Pública, se utilizó Programa Excel SPSS 23.0 y prueba de Chi-Cuadrado de Pearson, nivel de significación p<0,005, se aplicó encuesta estructurada de recolección de datos. Resultados: asociación estadística y significativa entre la aparición de enteropatógenos y el origen (p=0,000); presencia de animales domésticos (p= 0,000); lavado de manos de escolares antes de comer (p=0,004) y después de defecar (p=0,003). Se concluye, que la higiene doméstica, fue determinante en la presencia de enteropatógenos y diarreas en escolares de las comunidades examinadas, sumados a la falta de conocimientos del cuidador/a en el mecanismo de transmisión, que justifica el desarrollo y la implementación de estrategias educativas de intervención en promoción y prevención de salud.