Introducción: el citomegalovirus (CMV) es un virus de importante presencia a nivel mundial. La detección precoz y seriada de la carga viral para CMV ayuda a tratar precozmente la infección y evita la enfermedad que en muchos casos puede ser letal en pacientes inmunodeprimidos.Objetivo: determinar la prevalencia de CMV en niños inmunodeprimidos sometidos a trasplante de médula ósea, por medio de Reacción de Polimerasa en Cadena en tiempo real.Métodos: estudio retrospectivo, descriptivo y transversal. La carga viral fue determinada en muestras de plasma recolectadas entre 2009 y 2012 en niños que recibieron trasplante de médula ósea en el Hospital de la Sociedad de Lucha contra el Cáncer SOLCA en Guayaquil, Ecuador.Resultados: fueron analizadas 38 muestras. La edad promedio fue de 7.2 años siendo 57.9% (n=22) varones y 42.1% (n=16) mujeres, con una relación de masculino/femenino 1.4. Cinco pacientes presentaron resultados positivos por la técnica mencionada, siendo el 80% del género femenino. Y las provincias que obtuvieron el mayor número decasos con resultados positivos fueron Los Ríos, Guayas y Esmeraldas. Los pacientes que fueron trasplantados a causa de leucemia linfoblástica aguda y linfoma leucemizado a leucemia linfoblástica aguda tuvieron resultados positivos por infección activa por CMV, 80 y 20%, respectivamente.Conclusión: la prevalencia de CMV en niños sometidos a trasplante de médula ósea mediante PCR en tiempo real fue del 13%, mayor en el género femenino. Rev.cienc. biomed. 2015;6(1):53-59