Molekularno-epidemiološke studije, zasnovane na genotipizaciji kliničkih izolata M. tuberculosis, daju novu dimenziju metodama deskriptivne epidemiologije i omogućavaju praćenje prijenosa infekcije na globalnoj, nacionalnoj ili lokalnoj razini. Genotipizacija svih kliničkih izolata izoliranih u novooboljelih bolesnika u Hrvatskoj provodi se od 2007. godine. Koristi se metoda MIRU-VNTR, a rezultat genotipizacije je 15-člani numerički kod koji se pohranjuje u nacionalnu bazu genotipova M. tuberculosis. U ovom radu prikazan je presjek mogućnosti primjene rezultata genotipizacije u praćenju prijenosa tuberkuloze kao što su dokaz postojanja mikroepidemije ili lažno pozitivnih kultura, otkrivanje prijenosa koji nije uočen metodama deskriptivne epidemiologije, prijenos tuberkuloze sa čovjeka na životinju i obrnuto te ostalo.