Cilj ovog preglednog članka je ukazati na značaj, mjesto i dostupnost elektronske mikroskopije (EM) u rutinskoj dijagnostici bioptičkih uzoraka. Elektronska mikroskopija relativno je mlada metoda, koja se 70-ih godina prošlog stoljeća prvenstveno koristila u dijagnostici tumora nepoznatog primarnog sijela, no danas ima daleko širu primjenu, kao npr. u bolestima bubrega, kongenitalnim i metaboličkim bolestima nakupljanja, bolestima poprečno-prugastih mišića i perifernih živaca te brojnim drugim stanjima. Preduvjet analize EM dobro je poznavanje ultrastrukturalne građe koja se u članku ukratko opisuje. Preanalitičkoj fazi EM prethodi pravilno uzorčenje, adekvatna obrada uzoraka i izrada ultratankih rezova, što je posebno istaknuto u ovom radu. Metoda je relativno zahtjevna, kako svojim postupcima, tako i financijski, stoga treba voditi računa o indikacijama za EM, a u trenutku odabira metode i o pravilnom načinu uzimanja materijala. Slikovno i tekstualno su opisane neke od važnijih indikacija za EM koje se koriste u rutinskom radu, kao što su to bolesti glomerula i poprečno-prugastih mišića te tumora, gdje svjetlosna mikroskopija i imunohistokemijska analiza u većini slučajeva nisu dostatne za postavljanje konačne dijagnoze.