Objectives To analyse the effect of parasite load assessed by quantitative reverse transcription PCR (RT‐qPCR) in serum on the prognosis of patients with chronic Chagas cardiomyopathy (CCM) after a 2‐year follow‐up. Methods Prospective cohort study conducted between 2015 and 2017. One hundred patients with CCM were included. Basal parasitaemia levels of Trypanosoma cruzi (T. cruzi) were measured using a quantitative polymerase chain reaction (qPCR) test. The primary composite outcome (CO) was all‐cause mortality, cardiac transplantation and implantation of a left ventricular assist device. Secondary outcomes were the baseline levels of serum biomarkers and echocardiographic variables. Results After a 2 years of follow‐up, the primary CO rate was 16%. A positive qPCR was not associated with a higher risk of the CO. However, when parasitaemia was evaluated by comparing tertiles (tertile 1: undetectable parasitaemia, tertile 2: low parasitaemia and tertile 3: high parasitaemia), a higher risk of the CO (HR 3.66; 95% CI 1.11–12.21) was evidenced in tertile 2. Moreover, patients in tertile 2 had significantly higher levels of high‐sensitivity troponin T and cystatin C and more frequently exhibited an ejection fraction <50%. Conclusion Low parasitaemia was associated with severity markers of myocardial injury and a higher risk of the composite outcome when compared with undetectable parasitaemia. This finding could be hypothetically explained by a more vigorous immune response in patients with low parasitaemia that could decrease T. cruzi load more efficiently, but be associated with increased myocardial damage. Additional studies with a larger number of patients and cytokine measurement are required to support this hypothesis. Objectifs Analyser l'effet de la charge parasitaire évaluée par PCR quantitative de transcription inverse (RT‐qPCR) dans le sérum sur le pronostic des patients atteints de cardiomyopathie chronique de Chagas (CCM) après un suivi de deux ans. Méthodes Etude de cohorte prospective menée entre 2015 et 2017. Une centaine de patients atteints de CCM ont été inclus. Les niveaux de parasitémie basale de Trypanosoma cruzi (T. cruzi) ont été mesurés en utilisant un test de réaction en chaîne de la polymérase quantitative (qPCR). Le principal résultat composite (RC) était la mortalité toutes causes, la transplantation cardiaque et l'implantation d'un dispositif d'assistance ventriculaire gauche. Les critères secondaires étaient les niveaux de base des biomarqueurs sériques et des variables échocardiographiques. Résultats Après 2 ans de suivi, le taux de RC primaire était de 16%. Une qPCR positive n'était pas associée à un risque plus élevé de RC. Cependant, lorsque la parasitémie était évaluée en comparant les tertiles (tertile 1: parasitémie indétectable, tertile 2: parasitémie faible et tertile 3: parasitémie élevée), un risque plus élevé de RC (HR: 3,66; IC95%: 1,11–12,21) a été mis en évidence dans le tertile 2. De plus, les patients du tertile 2 avaient des niveaux significativement plus élevés de troponine T et de cystatine‐C à haute sensibilité et présentaient plus fréquemment une fraction d'éjection <50%. Conclusion Une faible parasitémie était associée à des marqueurs de sévérité des lésions myocardiques et à un risque plus élevé de résultat composite par rapport à une parasitémie indétectable. Cette découverte pourrait être hypothétiquement expliquée par une réponse immunitaire plus vigoureuse chez les patients présentant une faible parasitémie qui pourrait diminuer la charge de T. cruzi plus efficacement mais être associée à une augmentation des lésions myocardiques. Des études supplémentaires avec un plus grand nombre de patients et une mesure des cytokines sont nécessaires pour étayer cette hypothèse.