To determine the crude and sex- and age-adjusted prevalence rates of atherogenic dyslipidemia (AD) and low HDL-cholesterol levels (low-HDLc), and to assess their associations with cardiovascular risk factors, chronic kidney disease, cardiovascular and cardiometabolic diseases. Population-based cross-sectional study conducted in Primary Care, with randomly selected adult subjects. The AD was considered if the patients had hypertriglyceridemia (triglycerides ≥150 mg/dL) and low-HDLc (<40 mg/dL men; <50 mg/dL women). Crude and sex- and age-adjusted prevalence rates were determined, and univariate and multivariate analysis were performed to assess related cardiometabolic factors. Study population with 6,588 adults (55.9% women) with mean age 55.1 (±17.5) years. The mean HDLc levels were 49.2 (±12.6) mg/dL in men and 59.2 (±14.7) mg/dL in women. The crude prevalence rates of low-HDLc and AD were 30.8% (95%CI: 29.7–31.9), and 14.3% (95%CI: 13.5–15.2), respectively. The adjusted prevalence rates of low-HDLc were 28.0% in men and 31.0% in women, and AD were 16.4% in men and 10.6% in women. Seventy-three percent of the population with AD had high or very high cardiovascular risk. The independent factors associated with low HDLc or with AD were diabetes, smoking, abdominal obesity, and obesity. The major factors associated with low HDLc and AD were hypertriglyceridemia and diabetes, respectively. Almost a third of the adult population had low HDL-C and half of them met AD criteria. Cardiometabolic factors were associated with low HDL-C and AD, highlighting HTG with low HDLc, and DM with AD Determinar las prevalencias ajustadas por edad y sexo de concentraciones bajas de colesterol HDL (cHDL-bajo) y de dislipidemia aterogénica (DA), y valorar sus asociaciones con factores de riesgo cardiovascular, enfermedad renal crónica, enfermedades cardiovasculares y cardiometabólicas. Estudio observacional transversal de base poblacional realizado en Atención Primaria, con sujetos adultos seleccionados aleatoriamente. Se consideró DA si los pacientes tenían hipertrigliceridemia (triglicéridos ≥150 mg/dL) y cHDL-bajo (<40 mg/dL hombres; <50 mg/dL mujeres). Se determinaron las tasas de prevalencia crudas y ajustadas por edad y sexo, y se realizó análisis univariado y multivariante para evaluar los factores cardiometabólicos relacionados. Población de estudio con 6.588 adultos (55,9% mujeres) con edad media 55,1 (±17,5) años. Las medias de cHDL fueron 49,2 (±12,6) mg/dL en hombres y 59,2 (±14,7) mg/dL en mujeres. Las prevalencias crudas de cHDL-bajo y de DA fueron 30,8% (IC95%: 29,7–31,9), y 14,3% (IC95%: 13,5–15,2), respectivamente. Las prevalencias ajustadas de cHDL-bajo fueron 28,0% en hombres y 31,0% en mujeres, y de DA fueron 16,4% en hombres y 10,6% en mujeres. El 73% de la población con DA tenía riesgo cardiovascular alto o muy alto. Los factores independientes asociados con cHDL-bajo o con DA fueron diabetes, tabaquismo, obesidad abdominal y obesidad. Los principales factores asociados con cHDL-bajo y con DA fueron hipertrigliceridemia y diabetes, respectivamente. Casi un tercio de la población adulta presentaba cHDL-bajo y la mitad de ellos cumplía criterios de DA. Los factores cardiometabólicos se asociaban con cHDL-bajo y DA, destacando la HTG con el cHDL-bajo, y la DM con la DA.