Autoklaviranje je metoda najčešće primjenjivana za dekontaminaciju priona, sama ili u kombinaciji s NaOH ili drugim kemijskim reagencijama. Naša metoda autoklaviranja u 0,1N NaOH pri temperaturi od 134 °C, kroz 18 minuta je neškodljiva za instrumente i okolinu, pouzdanija od prijedloga Svjetske Zdravstvene Organizacije (bez NaOH ) koja se danas primjenjuje u većini evropskih zemalja (Velika Britanija 1986., Švicarska 2003.). Naša metoda je jednostavno izvediva a troškovi dekontaminacije su mali. Uspjeh je ovisan o postupku s instrumentima neposredno nakon uporabe, da bi se spriječilo sušenje; osušene instrumente više nije moguće dekontaminirati. Tako se danas radi u većini bolnica na svijetu, a moguće je to izbjeći uranjanjem instrumenata neposredno nakon uporabe u autoklavabilne posude iz polipropilena (pp) u kojima je 0,1N NaOH (ili druge kemikalije). Na kraju rada, instrumenti se ručno, prenesu u autoklav zajedno s tekućinom u koju su uronjeni. Proces autoklaviranja traje 2,5–3 sata. Na kraju se i pp posude, složene jedna u drugu, autoklaviraju na jednaki način i osuše za slijedeći radni dan.