The present work was conducted to evaluate AFLP (Amplified Fragment Length Polymorphism) and SSR (Simple Sequence Repeat) marker systems for their ability to detect genetic diversity within a set of 29 common bean accessions spanning both the Andean and Mesoamerican gene pools and to compare the efficiency of these two marker types in the classification of accessions according to the gene pools of origin. The ten AFLP primer combinations produced 112 polymorphic bands, while 14 SSR primer pairs generated 100 polymorphic bands. Almost two-fold higher value of expected heterozygosity was calculated for SSR (0.63) than for AFLP (0.32). As the result of a higher multiplex ratio component (11.20), higher marker index value was observed for AFLP (3.56) in comparison to SSR (0.63). The higher level of polymorphism detected by SSR markers has contributed to the lower genetic similarity estimates based on SSR markers (mean 0.25) as compared to AFLP markers (mean 0.88). The dendrograms generated with hierarchical UPGMA (Unweighted Pair Group Method with Arithmetic mean) cluster analysis of the Jaccard's similarity coefficient matrices revealed two major clusters, which were identified as the Andean and the Mesoamerican gene pools. Both marker systems showed comparable accuracy in grouping genotypes of common bean according to their gene pool of origin. V raziskavi smo na vzorcu 29 genotipov navadnega fižola različnega geografskega porekla (srednjeameriško, andsko) proučevali učinkovitost AFLP (polimorfizem dolžine pomnoženih restrikcijskih fragmentov) in SSR (enostavne ponavljajoče se sekvence) markerjev v vrednotenju genetske raznolikosti in klasifikaciji navadnega fižola glede na poreklo. Z 10 pari AFLP začetnih oligonukleotidov smo v verižni reakciji s polimerazo (PCR) pri 29 genotipih namnožili 112 polimorfnih fragmentov, s 14 pari SSR začetnih oligonukleotidov pa 100. Za SSR markerski sistem (0,63) smo v primerjavi z AFLP sistemom (0,32) izračunali skoraj dvakrat višjo vrednost pričakovane heterozigotnosti polimorfnih lokusov. Pri AFLP sistemu smo zabeležili skoraj šestkrat višjo vrednost markerskega indeksa kot pri SSR (3,56:0,63), kar je posledica večjega povprečnega števila polimorfnih DNA fragmentov, namnoženih v posamezni AFLP analizi, in multipleksnega razmerja. Na podlagi odkritih polimorfizmov smo v primerjavi z AFLP s SSR sistemom izračunali nižjo povprečno vrednost genetske podobnosti med pari genotipov (0,88:0,25). Pri razvrščanju genotipov v skupine z metodo netehtane aritmetične sredine (UPGMA) na osnovi podobnosti so se akcesije ne glede na tip markerjev razvrstile v 2 skupini, ki ustrezata dvema izvornima geografskima regijama navadnega fižola (srednjeameriško, andsko). Rezultati raziskave kažejo, da sta SSR in AFLP markerska sistema podobno uspešna pri vrednotenju genetske raznolikosti navadnega fižola in njegovi klasifikaciji glede na poreklo.