U Arhivu Hrvatske akademije znanosti i umjetnosti u Zagrebu čuva se osobni arhivski fond Ferdo Šišić. Fond se dijeli na korespondenciju koju čine pisma poslana od različitih adresanata i na rukopise s ostalim arhivskim gradivom. Korespondenti su, čija su pisma sačuvana, uglavnom bile poznate i manje poznate osobe iz znanstvenog, kulturnog i javnog života Hrvatske i Europe iz prve polovice 20. stoljeća. Velik dio korespondenata bili su obični ljudi koji su u svezi povijesne tematike pisali Šišiću. Drugi se dio ostavštine, rukopisi i ostalo arhivsko gradivo, odnosi na znanstvenu djelatnost Ferde Šišića i historiografiju općenito. Ovaj dio njegove ostavštine obuhvaća mnoge prijepise arhivskog gradiva iz inozemnih arhiva, neobjavljene i nepoznate radove, njegove diplome, odlikovanja, priznanja, novinske članke, osobne dokumente o školovanju, rođenju i slično.