Summary Objectives  To assess the social and economic costs of HIV/AIDS infection on the organisational capacities of selected non‐government organisations (NGOs) in Malawi. Methods  Sixteen semi‐structured interviews with senior staff of four NGOs to estimate the costs paid by the NGO and the loss of management and staff time over the last 12 months because of HIV/AIDS, plus questionnaires filled in by 48 NGO leaders. Results  Labour costs were an estimated 12.5% higher because of HIV/AIDS, corresponding to a 3% increase in overall budget costs. There was also an estimated 12.4% loss of staff time to address HIV‐related issues such as funerals, sickness and management time. Conclusions  The organisational costs of HIV/AIDS on NGOs in Malawi may be considerable and more serious than perceived by NGOs, who must develop a workplace response. It also has policy implications for donors, who may need to adjust their funding strategies. Objectifs  Evaluer les coûts sociaux et économiques de l’infection VIH/SIDA sur les capacités d’organisation d’ONG choisies au Malawi. Méthodes  Sixteen interviews semi‐structurées avec les cadres de quatre ONG pour estimer les coûts supportés par l’ONG et la perte en temps pour la gestion et du personnel au cours des 12 derniers mois, liés au VIH/SIDA. En plus, des questionnaires ont été remplis par 48 chefs d’ONG. Résultats  Bien qu’il y ait eu des difficultés dans la validation des coûts directs à cause de la taille réduite de l’échantillon et du manque de groupe témoins, les répondants ont estimé que les coûts de la main‐d’œuvre étaient 12,5% plus élevéà cause du VIH/SIDA. Cela correspond à une augmentation de 3% en coûts globaux sur le budget. Il y avait également une perte d’environ 12,4% du temps du personnel pour répondre aux problèmes liés au VIH tels que le temps pris pour les enterrements, la maladie et la gestion. Conclusions  Les coûts d’organisation du HIV/SIDA sur des ONG au Malawi pourraient être considérables et plus sérieux que ceux perçus par ONG. Ceci a des implications principales pour les ONG qui doivent développer une réponse sur le lieu de travail. Il a également des implications sur la politique des donateurs qui peuvent avoir à ajuster leurs stratégies de financement. Objetivos  Evaluar los costes sociales y económicos de la infección por VIH/SIDA, sobre las capacidades organizativas de una selección de ONGs en Malawi. Métodos  Se realizaron 16 entrevistas semi‐estructuradas a personal directivo de cuatro ONGs, con el fin de estimar los costes pagados por la ONG y la pérdida de tiempo del personal y la administración durante los últimos 12 meses debido al VIH/SIDA, más un cuestionario rellenado por 48 líderes de ONGs. Resultados  Aunque hay problemas con la validación de los costes directos debido al tamaño muestral y la falta de un grupo control, los encuestados estimaron que los costes laborales eran un 12.5% mayores debido al VIH/SIDA. Esto resulta en un aumento del 3% en los presupuestos generales totales. También se estimó una pérdida de tiempo de un 12.4% a la hora de tratar con temas relacionados con el VIH/SIDA, tales como funerales, enfermedad o tiempo de gestión. Conclusiones  Los costes organizativos del VIH/SIDA para las ONGs en Malawi pueden ser considerables y más serios que aquellos percibidos por las ONGs. Estos tiene implicaciones importantes para las ONGs, quienes deberían establecer una estrategia laboral. También tiene implicaciones a nivel político para los donantes, quienes podrían tener que ajustar su estrategia de subvención.