Este artigo objetiva apresentar o método e a estrutura do ciclo de Planejamento Estratégico (PE) para o período de 2016 a 2019 na Agência Nacional de Vigilância Sanitária (Anvisa). Para isso, utilizou-se o referencial teórico sobre PE, apresentando, especificamente, a metodologia Balanced Scorecard (BSC), com destaque para o emprego desses conceitos na Gestão Pública. A partir disso, é apresentado como a metodologia BSC foi aplicada na Anvisa, na forma de um estudo de caso, com ênfase no método utilizado para a construção do PE, bem como nas diretrizes para sua elaboração. Discute-se ainda a revisão do Mapa Estratégico da Agência, com análise comparativa entre os mapas anteriormente vigente e o atual, descrevendo-se as etapas de construção e validação dos diferentes elementos do Mapa. Conclui-se que o método de Planejamento apontado é aplicável à Gestão Pública, de tal forma que é possível desenhar a estratégia e priorizar os objetivos, com vistas a alcançar resultados e melhorar o desempenho da instituição pública.